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[讨论]SIMU命令的用法
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SIMU s[0.04] st[0.08] dmax[1.7] atomnames Atoms closer than dmax are restrained with effective standard deviation s to have the same Uij components. If (according to the connectivity table, i.e. ignoring attached hydrogens) one or both of the two atoms involved is terminal (or not bonded at all), st is used instead as the esd. If s but not st is specified, st is set to twice s. If no atoms are given, all non-hydrogen atoms are understood. SIMU_* with no atoms applies to all non-hydrogen atoms in all residues. SFAC element names may also be referenced, preceded by '$'. The interatomic distance for testing against dmax is calculated from the atom coordinates without using the connectivity table (though the latter is used for deciding if an atom is terminal or makes no bonds). 感觉第一句解释有歧义。 现在假设结构的一部分是C1-C2-C3-O4-R，其中C1是末端甲基。 对于 SIMU 0.01 0.02 2.0 C1 C3 这样的命令 A) C1和C3的热参数变化到与C2接近，C2的热参数不变； B) C1、C2和C3的热参数均不变； C) C2的热参数变化到与C1和C3接近，C1和C3的热参数不变； D) C1、C2和C3的热参数均变化，且变到相近。 换句话说 A) 只有atomnames中的原子热参数才会变，拥有热参数变化的目标值的那些原子不必出现在atomnames中； B) 只有atomnames中的原子热参数才会变，而且拥有热参数变化的目标值的那些原子也必须出现在atomnames中，比如此时要起作用，就要把C1、C2和C3都写到atomnames中去； C) atomnames中的原子的热参数是它们周围的原子的热参数变化的目标值； D) 不存在热参数变化的目标值，只要在atomnames中列出以及与这些原子距离小于dmax的那些原子的热参数都会趋于一致。 |
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