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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线
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fcy110918

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线 已有3人参与

各位小木虫计算大神:

小虫本来学生物的，由于实验需要，接触Guassian和DFT不久，很多地方一片迷茫啊。目前想考虑利用Guassian计算分子间的π-π堆积结构的势能曲线，比如说两个蒽分子堆积在一起时势能与距离的曲线，所想要的结果如附件所示，
本人的分子已经opt，也获得了freq，但是不会设置scan中的坐标（不知道是不是这个功能可以得到像下面一样的数据），也不会如何控制两个分子间的距离，最想得到的结果就是和下面的附件图一样（暂时只会用Gaussian）
诚心希望得到大神们的指点

Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线
w75h2013403_1473375893_866.jpg


Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线-1
Screen Shot 2016-11-02 at 20.04.29.png


Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线-2
Screen Shot 2016-11-02 at 20.04.43.png
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1楼 2016-11-03 03:25:13
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likun_2008

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2016-11-04 10:30:20
没弄过这种情况的，
笨办法是把复制出的那个分子的每一个原子的z都设成变量，变量的初始值等于原来那个分子对应的原子的z值再加上一个初始的间隔。如果会编程的话这么做应该不难。
还可以通过混合坐标方法来弄： ...

谢谢，你说的前面那个方法我上午尝试了，水分子的，两个变量，10  0.01，出来121个结果，不是想要的效果，也多了很多不必要的计算，跟同时扫描两个势能面的结果类似。我最早用的方法是先通过二面角或者角度等关系将两个分子弄平行，再修改内坐标，将复制的分子参考第一个分子，通过一个键长来扫描就好了。不过每次需要修改很多内坐标。

发自小木虫Android客户端
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互相帮助，互相学习
10楼2016-11-04 21:20:32
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查看全部 13 个回答

小范范1989

木虫 (著名写手)
说一下我的理解，不一定对哈，因为之前我了解过一点点，
1：首先，你要找到两个分子，平行排列。（当然也不一定非要平行，向你后面的分子，垂直）。
这个怎么弄呢？拿两个平行的来举例子：
通过高斯view画一个苯环，然后把他的坐标复制一下，再放到文件的后面,这样是不是就是两个重合的苯环了？然后，你在把刚刚复制的那个苯环的Z坐标，都加上1或者2或者3或者4....这不就是两者之间的距离的调节了吗？
如果是垂直，我感觉是不是先通过高斯view画出来，然后调节一个分子的Z坐标，同时加多少，这样就能调节距离了吧？
应该找个过程不需要优化吧，这个我不确定，我感觉是直接做单点计算，当然，我的理解不一定对。
2：有了坐标之后，就要计算能量，
把不同距离的分子，保存不同的文件，比如说0.5.gjf   1.gjf   1.5.gjf......然后做单点计算（我感觉单点，不需要优化，不一定对）。
3：这个地方计算的泛函比较重要，因为必须要有D3校正，如果是b3lyp之类的，结果会是一条一直下降的线，不会有凹的表现。
选泛函，这个在你那个书的169页，第21也ppt、

4：个人见解，不一定对，还望指点
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fcy110918
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
2楼2016-11-03 08:38:41
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
fcy110918: 金币+50, ★★★很有帮助, 辛苦了！ 2016-11-03 19:22:35
fcy110918: 金币+100, ★★★很有帮助, 再次谢谢啦！ 2016-11-04 00:39:52
下面是两个平行苯环的PES计算
%mem=600MW
%nprocshared=16
# opt=z-matrix b3lyp/cc-pvdz

Title Card Required

0 1
C                  0.00000000    1.39499067    0.00000000
C                 -1.20809735    0.69749533    0.00000000
C                 -1.20809735   -0.69749533    0.00000000
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H                  0.00000000    2.49460097    0.00000000
H                 -2.16038781    1.24730049    0.00000000
H                 -2.16038781   -1.24730049    0.00000000
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H                  2.16038781   -1.24730049    0.00000000
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C                  0.00000000    1.39499067    R
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Variables:
R 2.0 S 30 0.1
得到的结果是
Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线-3
计算结果不吻合的原因可能是计算方法和基组没选择好
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fcy110918
我永远当不了老板
3楼2016-11-03 11:37:37
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fcy110918

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小范范1989 at 2016-11-03 08:38:41
说一下我的理解，不一定对哈，因为之前我了解过一点点，
1：首先，你要找到两个分子，平行排列。（当然也不一定非要平行，向你后面的分子，垂直）。
这个怎么弄呢？拿两个平行的来举例子：
通过高斯view画一个苯 ...

谢谢大侠的回复！由于我要用到的分子比单纯两个苯环要复杂的多，所以手动调节比较麻烦呢，应该是会有可以自动设置的方法！
还是很感激你的帮助哦！！！
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4楼2016-11-03 19:21:36
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