应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线
51/1返回列表
查看: 3961  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

fcy110918

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线 已有3人参与

各位小木虫计算大神:

小虫本来学生物的，由于实验需要，接触Guassian和DFT不久，很多地方一片迷茫啊。目前想考虑利用Guassian计算分子间的π-π堆积结构的势能曲线，比如说两个蒽分子堆积在一起时势能与距离的曲线，所想要的结果如附件所示，
本人的分子已经opt，也获得了freq，但是不会设置scan中的坐标（不知道是不是这个功能可以得到像下面一样的数据），也不会如何控制两个分子间的距离，最想得到的结果就是和下面的附件图一样（暂时只会用Gaussian）
诚心希望得到大神们的指点

Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线
w75h2013403_1473375893_866.jpg


Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线-1
Screen Shot 2016-11-02 at 20.04.29.png


Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线-2
Screen Shot 2016-11-02 at 20.04.43.png
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

自己感觉好的东西

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-11-03 03:25:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴
引用回帖:
7楼: Originally posted by likun_2008 at 2016-11-04 09:31:19
请教一下，有些复杂点的分子，不是平面结构，z不是0或者不全为0，怎么办？谢谢
...

没弄过这种情况的，
笨办法是把复制出的那个分子的每一个原子的z都设成变量，变量的初始值等于原来那个分子对应的原子的z值再加上一个初始的间隔。如果会编程的话这么做应该不难。
还可以通过混合坐标方法来弄：先把原来的分子A的前四个原子使用笛卡尔坐标定义，剩下的原子用相对于前四个原子的内坐标定义。复制A得到B，把B的前四个原子用笛卡尔坐标定义，定义时与A的前四个原子错位一个变量。B剩下的几个原子再用相对B的前四个原子的内坐标定义。
就想到这些了。不行的话可以再试试虚原子什么的。
赞一下(1人) 回复此楼
我永远当不了老板
8楼2016-11-04 10:30:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

小范范1989

木虫 (著名写手)
说一下我的理解，不一定对哈，因为之前我了解过一点点，
1：首先，你要找到两个分子，平行排列。（当然也不一定非要平行，向你后面的分子，垂直）。
这个怎么弄呢？拿两个平行的来举例子：
通过高斯view画一个苯环，然后把他的坐标复制一下，再放到文件的后面,这样是不是就是两个重合的苯环了？然后，你在把刚刚复制的那个苯环的Z坐标，都加上1或者2或者3或者4....这不就是两者之间的距离的调节了吗？
如果是垂直，我感觉是不是先通过高斯view画出来，然后调节一个分子的Z坐标，同时加多少，这样就能调节距离了吧？
应该找个过程不需要优化吧，这个我不确定，我感觉是直接做单点计算，当然，我的理解不一定对。
2：有了坐标之后，就要计算能量，
把不同距离的分子，保存不同的文件，比如说0.5.gjf   1.gjf   1.5.gjf......然后做单点计算（我感觉单点，不需要优化，不一定对）。
3：这个地方计算的泛函比较重要，因为必须要有D3校正，如果是b3lyp之类的，结果会是一条一直下降的线，不会有凹的表现。
选泛函，这个在你那个书的169页，第21也ppt、

4：个人见解，不一定对，还望指点
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

fcy110918
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
2楼2016-11-03 08:38:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
fcy110918: 金币+50, ★★★很有帮助, 辛苦了！ 2016-11-03 19:22:35
fcy110918: 金币+100, ★★★很有帮助, 再次谢谢啦！ 2016-11-04 00:39:52
下面是两个平行苯环的PES计算
%mem=600MW
%nprocshared=16
# opt=z-matrix b3lyp/cc-pvdz

Title Card Required

0 1
C                  0.00000000    1.39499067    0.00000000
C                 -1.20809735    0.69749533    0.00000000
C                 -1.20809735   -0.69749533    0.00000000
C                  0.00000000   -1.39499067    0.00000000
C                  1.20809735   -0.69749533    0.00000000
C                  1.20809735    0.69749533    0.00000000
H                  0.00000000    2.49460097    0.00000000
H                 -2.16038781    1.24730049    0.00000000
H                 -2.16038781   -1.24730049    0.00000000
H                  0.00000000   -2.49460097    0.00000000
H                  2.16038781   -1.24730049    0.00000000
H                  2.16038781    1.24730049    0.00000000
C                  0.00000000    1.39499067    R
C                 -1.20809735    0.69749533    R
C                 -1.20809735   -0.69749533    R
C                  0.00000000   -1.39499067    R
C                  1.20809735   -0.69749533    R
C                  1.20809735    0.69749533    R
H                  0.00000000    2.49460097    R
H                 -2.16038781    1.24730049    R
H                 -2.16038781   -1.24730049    R
H                  0.00000000   -2.49460097    R
H                  2.16038781   -1.24730049    R
H                  2.16038781    1.24730049    R
Variables:
R 2.0 S 30 0.1
得到的结果是
Gaussian计算π-π堆积弱相互作用的势能曲线-3
计算结果不吻合的原因可能是计算方法和基组没选择好
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

fcy110918
我永远当不了老板
3楼2016-11-03 11:37:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fcy110918

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小范范1989 at 2016-11-03 08:38:41
说一下我的理解，不一定对哈，因为之前我了解过一点点，
1：首先，你要找到两个分子，平行排列。（当然也不一定非要平行，向你后面的分子，垂直）。
这个怎么弄呢？拿两个平行的来举例子：
通过高斯view画一个苯 ...

谢谢大侠的回复！由于我要用到的分子比单纯两个苯环要复杂的多，所以手动调节比较麻烦呢，应该是会有可以自动设置的方法！
还是很感激你的帮助哦！！！
赞一下 回复此楼
4楼2016-11-03 19:21:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化，一志愿：哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 290求调剂 +4 @将就将就看 2026-03-10 8/400 2026-03-14 14:23 by 千千运气
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-09 4/200 2026-03-14 02:06 by tranquil_ya
[考研] 一志愿安徽大学材料工程专硕313分，求调剂的学校 +8 Yu先生 2026-03-10 10/500 2026-03-14 01:04 by JourneyLucky
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:05 by JourneyLucky
[考研] 0703，333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[硕博家园] 深圳大学硕士招生（2026秋，传感器方向，仅录取第一志愿） +4 xujiaoszu 2026-03-11 7/350 2026-03-13 17:28 by xujiaoszu
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕350 求调剂 +4 王金科 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:02 by ruiyingmiao
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考博] 读博申请 +5 感dd 2026-03-10 7/350 2026-03-11 17:02 by QGZDSYS
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
[考研] 化工0817调剂 +8 灿若星晨 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:44 by 星空星月
[考研] 298求调剂 +3 Vv呀！ 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:40 by 剑诗杜康
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭