应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » QE计算relax，怎样迅速得到计算后的原子位置？
51/1返回列表
查看: 2577  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

小白flame

新虫 (初入文坛)

[求助] QE计算relax，怎样迅速得到计算后的原子位置？ 已有2人参与

刚刚上手QE，计算relax以后得到的输出文件内容太多，目前是手动把最后的原子位置提取出来，实在太麻烦，而且以后想做批量处理，肯定不能挨个手动提取。请问有没有什么好方法快速得到优化后的原子位置？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-11-01 10:57:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小白flame at 2016-11-01 15:14:43
多谢，还请问QE可以将relax的输出转化为scf计算的输入不？就是把两个先后的计算相连，直接得到最终结果...

这个嘛，最好自己在做relax的时候直接设置好脚本，毕竟多数参数都一样的不是？如果直接用relax的输出来转换，很多参数取得麻烦也就算了，关键是有些参数无法从output中取得～
赞一下 回复此楼
思想重于技巧，内涵重于表象
5楼2016-11-01 19:56:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-11-01 22:18:59
之前写过一个类似的程序，楼主参考下。

这个程序只适用于手写基矢（ibrav = 0）的情形，不过不难改写。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : out2pd.py
    • 2016-11-01 11:23:40, 3.49 K
2楼2016-11-01 11:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-11-01 22:19:06
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：
CODE:
#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))"
  grep -A$(NAT) "ATOMIC_POSITIONS' file.out | tail -$(LINE)

如果需要输出，最后一句加个定向就好了~
赞一下(1人) 回复此楼
思想重于技巧，内涵重于表象
3楼2016-11-01 13:50:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小白flame

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2016-11-01 13:50:01
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：

#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))" ...

多谢，还请问QE可以将relax的输出转化为scf计算的输入不？就是把两个先后的计算相连，直接得到最终结果
赞一下 回复此楼
4楼2016-11-01 15:14:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 16:31 by 时光旅行者
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 14:23 by jCd0dEvKHShX
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 14:03 by jCd0dEvKHShX
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 13:51 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 11:18 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭