应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » QE计算relax，怎样迅速得到计算后的原子位置？
51/1返回列表
查看: 2422  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

小白flame

新虫 (初入文坛)

[求助] QE计算relax，怎样迅速得到计算后的原子位置？ 已有2人参与

刚刚上手QE，计算relax以后得到的输出文件内容太多，目前是手动把最后的原子位置提取出来，实在太麻烦，而且以后想做批量处理，肯定不能挨个手动提取。请问有没有什么好方法快速得到优化后的原子位置？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-11-01 10:57:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小白flame at 2016-11-01 15:14:43
多谢，还请问QE可以将relax的输出转化为scf计算的输入不？就是把两个先后的计算相连，直接得到最终结果...

这个嘛，最好自己在做relax的时候直接设置好脚本，毕竟多数参数都一样的不是？如果直接用relax的输出来转换，很多参数取得麻烦也就算了，关键是有些参数无法从output中取得～
赞一下 回复此楼
思想重于技巧，内涵重于表象
5楼2016-11-01 19:56:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-11-01 22:18:59
之前写过一个类似的程序，楼主参考下。

这个程序只适用于手写基矢（ibrav = 0）的情形，不过不难改写。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : out2pd.py
    • 2016-11-01 11:23:40, 3.49 K
2楼2016-11-01 11:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-11-01 22:19:06
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：
CODE:
#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))"
  grep -A$(NAT) "ATOMIC_POSITIONS' file.out | tail -$(LINE)

如果需要输出，最后一句加个定向就好了~
赞一下(1人) 回复此楼
思想重于技巧，内涵重于表象
3楼2016-11-01 13:50:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小白flame

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2016-11-01 13:50:01
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：

#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))" ...

多谢，还请问QE可以将relax的输出转化为scf计算的输入不？就是把两个先后的计算相连，直接得到最终结果
赞一下 回复此楼
4楼2016-11-01 15:14:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 344求调剂 +8 丶风雪夜归人丶 2026-04-09 8/400 2026-04-16 10:49 by 圆心602
[考研] 化学070300 求调剂 +25 哈哈哈^_^ 2026-04-12 25/1250 2026-04-16 10:47 by Espannnnnol
[考研] 急需调剂 +5 绝不放弃22 2026-04-15 5/250 2026-04-15 23:11 by Tide man
[考博] 26年电池方向博士申请 10+3 15615939259 2026-04-09 4/200 2026-04-15 14:22 by kwansei
[考研] 求调剂，985材料与化工348分 +9 涵竹刘 2026-04-11 14/700 2026-04-13 22:26 by 涵竹刘
[基金申请] 2026 WR青拔 +3 冬日阳光CAS 2026-04-09 6/300 2026-04-13 18:40 by liuchb715
[考研] 一志愿双非085400电子信息344 求调剂，对材料和化学方向也感兴趣 +12 无情的小羊 2026-04-09 13/650 2026-04-13 14:17 by 张zhihao
[考研] 材料考研调剂 +29 云木达达 2026-04-11 31/1550 2026-04-13 13:32 by lyh鲁老师
[考研] 求调剂288 +7 ioodiiij 2026-04-10 9/450 2026-04-13 08:33 by Hayaay
[考研] 295分求调剂 +13 ?要上岸? 2026-04-10 13/650 2026-04-12 15:37 by laoshidan
[考研] 085501机械专硕 302分 不挑专业求调剂 +7 汪某. 2026-04-09 7/350 2026-04-11 14:37 by luhong1990
[考研] 0854调剂 +5 音像店听花鼓戏 2026-04-10 5/250 2026-04-11 10:49 by qingpingzhu
[考研] 087100初试311求调剂 +4 任雅琴 2026-04-09 4/200 2026-04-11 10:33 by zhq0425
[考研] 288求调剂 +15 代fish 2026-04-09 16/800 2026-04-11 10:26 by wwj2530616
[考研] 一志愿985机械学硕380求调剂 +5 关关雎鸠10 2026-04-11 5/250 2026-04-11 10:10 by 知念。A
[考研] 281求调剂 +11 觉得好的吧 2026-04-10 11/550 2026-04-11 09:35 by 逆水乘风
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[考研] 309求调剂 +14 wdhw 2026-04-10 15/750 2026-04-10 21:06 by zhouxiaoyu
[考研] 一志愿京区985，085401，与本科专业一致，电子信息工程， +4 阳光开朗的男孩 2026-04-10 4/200 2026-04-10 18:27 by shenrf
[考研] 083200 初试305分 求调剂 暂不考虑跨专业 +15 Claireyyyy 2026-04-09 15/750 2026-04-09 16:11 by zhuimr
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭