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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » QE计算relax，怎样迅速得到计算后的原子位置？
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小白flame

新虫 (初入文坛)

[求助] QE计算relax，怎样迅速得到计算后的原子位置？ 已有2人参与

刚刚上手QE，计算relax以后得到的输出文件内容太多，目前是手动把最后的原子位置提取出来，实在太麻烦，而且以后想做批量处理，肯定不能挨个手动提取。请问有没有什么好方法快速得到优化后的原子位置？
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1楼 2016-11-01 10:57:03
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-11-01 22:18:59
之前写过一个类似的程序，楼主参考下。

这个程序只适用于手写基矢（ibrav = 0）的情形，不过不难改写。
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    • 2016-11-01 11:23:40, 3.49 K
2楼2016-11-01 11:25:03
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-11-01 22:19:06
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：
CODE:
#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))"
  grep -A$(NAT) "ATOMIC_POSITIONS' file.out | tail -$(LINE)

如果需要输出，最后一句加个定向就好了~
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思想重于技巧，内涵重于表象
3楼2016-11-01 13:50:01
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小白flame

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2016-11-01 13:50:01
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：

#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))" ...

多谢，还请问QE可以将relax的输出转化为scf计算的输入不？就是把两个先后的计算相连，直接得到最终结果
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4楼2016-11-01 15:14:43
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小白flame at 2016-11-01 15:14:43
多谢，还请问QE可以将relax的输出转化为scf计算的输入不？就是把两个先后的计算相连，直接得到最终结果...

这个嘛，最好自己在做relax的时候直接设置好脚本，毕竟多数参数都一样的不是？如果直接用relax的输出来转换，很多参数取得麻烦也就算了，关键是有些参数无法从output中取得～
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5楼2016-11-01 19:56:16
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2016-11-01 13:50:01
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：

#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))" ...

请问只有这能这样通过脚本或者手动提取然后输入到in文件中吗？qe中的restart选项不可以直接读取最后一步坐标？
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
6楼2016-11-02 14:25:15
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by magicmonk at 2016-11-02 14:25:15
请问只有这能这样通过脚本或者手动提取然后输入到in文件中吗？qe中的restart选项不可以直接读取最后一步坐标？...

这到是一个值得试一下的想法，只是要牺牲一点点弛豫时的效率，不能指定disk_io = 'none'了~
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思想重于技巧，内涵重于表象
7楼2016-11-02 17:07:14
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2016-11-01 13:50:01
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：

#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))" ...

请问要将输出的坐标替换原来输入文件的坐标，应该怎么定向？
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
8楼2017-06-12 20:52:09
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SUN WONG

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by souledge at 2016-11-01 19:56:16
这个嘛，最好自己在做relax的时候直接设置好脚本，毕竟多数参数都一样的不是？如果直接用relax的输出来转换，很多参数取得麻烦也就算了，关键是有些参数无法从output中取得～...

您好，我是才开始学pwscf的新手，想向您请教一个问题，原子的赝势该怎么选择呢？这个问题困扰我很久了，希望您能抽空解惑，谢谢您。
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9楼2017-06-28 14:14:45
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