应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » QE计算relax，怎样迅速得到计算后的原子位置？
91/1返回列表
查看: 2572  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

小白flame

新虫 (初入文坛)

[求助] QE计算relax，怎样迅速得到计算后的原子位置？ 已有2人参与

刚刚上手QE，计算relax以后得到的输出文件内容太多，目前是手动把最后的原子位置提取出来，实在太麻烦，而且以后想做批量处理，肯定不能挨个手动提取。请问有没有什么好方法快速得到优化后的原子位置？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-11-01 10:57:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-11-01 22:18:59
之前写过一个类似的程序，楼主参考下。

这个程序只适用于手写基矢（ibrav = 0）的情形，不过不难改写。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : out2pd.py
    • 2016-11-01 11:23:40, 3.49 K
2楼2016-11-01 11:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-11-01 22:19:06
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：
CODE:
#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))"
  grep -A$(NAT) "ATOMIC_POSITIONS' file.out | tail -$(LINE)

如果需要输出，最后一句加个定向就好了~
赞一下(1人) 回复此楼
思想重于技巧，内涵重于表象
3楼2016-11-01 13:50:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小白flame

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2016-11-01 13:50:01
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：

#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))" ...

多谢，还请问QE可以将relax的输出转化为scf计算的输入不？就是把两个先后的计算相连，直接得到最终结果
赞一下 回复此楼
4楼2016-11-01 15:14:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小白flame at 2016-11-01 15:14:43
多谢，还请问QE可以将relax的输出转化为scf计算的输入不？就是把两个先后的计算相连，直接得到最终结果...

这个嘛，最好自己在做relax的时候直接设置好脚本，毕竟多数参数都一样的不是？如果直接用relax的输出来转换，很多参数取得麻烦也就算了，关键是有些参数无法从output中取得～
赞一下 回复此楼
思想重于技巧，内涵重于表象
5楼2016-11-01 19:56:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2016-11-01 13:50:01
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：

#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))" ...

请问只有这能这样通过脚本或者手动提取然后输入到in文件中吗？qe中的restart选项不可以直接读取最后一步坐标？
赞一下(1人) 回复此楼
我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
6楼2016-11-02 14:25:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by magicmonk at 2016-11-02 14:25:15
请问只有这能这样通过脚本或者手动提取然后输入到in文件中吗？qe中的restart选项不可以直接读取最后一步坐标？...

这到是一个值得试一下的想法，只是要牺牲一点点弛豫时的效率，不能指定disk_io = 'none'了~
赞一下(2人) 回复此楼
思想重于技巧，内涵重于表象
7楼2016-11-02 17:07:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2016-11-01 13:50:01
对于calculation = 'relax'的，假设输出文件为file.out，可以用这样的bash脚本：

#!/bin/bash
  NAT=`grep 'number of atoms/cell' file.out | awk '{print $5}'`
  LINE=$NAT
  let "$((LINE++))" ...

请问要将输出的坐标替换原来输入文件的坐标，应该怎么定向？
赞一下 回复此楼
我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
8楼2017-06-12 20:52:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SUN WONG

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by souledge at 2016-11-01 19:56:16
这个嘛，最好自己在做relax的时候直接设置好脚本，毕竟多数参数都一样的不是？如果直接用relax的输出来转换，很多参数取得麻烦也就算了，关键是有些参数无法从output中取得～...

您好，我是才开始学pwscf的新手，想向您请教一个问题，原子的赝势该怎么选择呢？这个问题困扰我很久了，希望您能抽空解惑，谢谢您。
赞一下 回复此楼
9楼2017-06-28 14:14:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小白flame 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +3 349506619 2026-08-28 3/150 2026-08-29 10:49 by 木风9012
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 09:48 by G6APbkg8SA6w
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 09:39 by G6APbkg8SA6w
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 09:28 by G6APbkg8SA6w
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 09:17 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭