| 查看: 1892 | 回复: 4 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
jianjunjiang铁杆木虫 (正式写手)
|
[求助]
一个关于gromacs二面角参数的问题 已有1人参与
|
|
|
各位大侠： 本人现在利用gromacs做分子动力学，在立场文件中，本人有一些关于二面角的参数不太清楚，具体如下： 比如说： [ dihedrals ] ; propers ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 ; i j k l func phase kd pn 1 2 3 4 9 180.00 15.16700 2 ; 请问后面的phase，kd和pn这三个参数各代表什么势函数当中的什么参数？翻了一下手册，发现手册上有一个二面角扭转势能的公式 V(φ)=k(1+cos(nφ-φs)) 那么上面的参数文件中 phase 是不是就是φs（180），pn就是n（2），而kd就是k（15.16700）。 请问这样理解对吗？？ |
回复此楼» 猜你喜欢
生物学学硕求调剂
已经有10人回复
-
上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生（材料、化学、电化学，环境）
已经有4人回复
-
材料学求调剂
已经有6人回复
-
303求调剂
已经有5人回复
-
一志愿武理085500机械专业总分300求调剂
已经有7人回复
-
考研调剂
已经有4人回复
-
281求调剂
已经有4人回复
-
0805 316求调剂
已经有6人回复
-
085601求调剂总分293英一数二
已经有3人回复
-
08工学调剂
已经有17人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
jianjunjiang
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 8680.7
- 散金: 60
- 红花: 1
- 帖子: 926
- 在线: 250.9小时
- 虫号: 509147
- 注册: 2008-02-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2016-11-01 13:45:48
zx04
木虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2129.8
- 散金: 200
- 帖子: 10
- 在线: 577.6小时
- 虫号: 1398620
- 注册: 2011-09-11
- 专业: 理论和计算化学
2楼2016-10-31 23:36:26
zx04
木虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2129.8
- 散金: 200
- 帖子: 10
- 在线: 577.6小时
- 虫号: 1398620
- 注册: 2011-09-11
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jianjunjiang: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2016-11-01 22:56:53
jianjunjiang: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2016-11-01 22:56:53
|
看看这里 http://ambermd.org/antechamber/gaff.html#function GAFF力场里面二面角的公式应该是 sum(Vn/2 [1 + cos(n*theta -gamma )] ) Vn are force constants; n is multiplicity and gamma is phase angle for torsional angle parameters. 所以，你的参数差不多，但公式应该检查一下。 |
4楼2016-11-01 22:20:51
jianjunjiang
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 8680.7
- 散金: 60
- 红花: 1
- 帖子: 926
- 在线: 250.9小时
- 虫号: 509147
- 注册: 2008-02-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2016-11-01 22:57:17
6