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jianjunjiang铁杆木虫 (正式写手)
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一个关于gromacs二面角参数的问题 已有1人参与
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各位大侠： 本人现在利用gromacs做分子动力学，在立场文件中，本人有一些关于二面角的参数不太清楚，具体如下： 比如说： [ dihedrals ] ; propers ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 ; i j k l func phase kd pn 1 2 3 4 9 180.00 15.16700 2 ; 请问后面的phase，kd和pn这三个参数各代表什么势函数当中的什么参数？翻了一下手册，发现手册上有一个二面角扭转势能的公式 V(φ)=k(1+cos(nφ-φs)) 那么上面的参数文件中 phase 是不是就是φs（180），pn就是n（2），而kd就是k（15.16700）。 请问这样理解对吗？？ |
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3楼2016-11-01 13:45:48
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看看这里 http://ambermd.org/antechamber/gaff.html#function GAFF力场里面二面角的公式应该是 sum(Vn/2 [1 + cos(n*theta -gamma )] ) Vn are force constants; n is multiplicity and gamma is phase angle for torsional angle parameters. 所以，你的参数差不多，但公式应该检查一下。 |
4楼2016-11-01 22:20:51
