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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 土壤微生物DNA提取不出来……兄弟姐妹们帮个忙啊！！
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yxx41

金虫 (小有名气)

[交流] 土壤微生物DNA提取不出来……兄弟姐妹们帮个忙啊！！

我最近在提土壤DNA，准备做些分子生态方面的东西，可是我一直就提不出来DNA（提出来的貌似是硫-白色，略显黄色，16,000g离心后稍微晃动一下就会飘起来，因为我做得是白银的废铜矿的土壤，采样的时候看到很多地方有硫晶体，而且很多……没想到土壤里也那么多啊……）跑电泳的话完全一片空白，加样孔、胶上根本看不到任何的痕迹……
我用的方法是zhou j z的SDS高盐法，蛋白酶K没加，所以改为加extraction buffer和SDS后温育四小时，最后沉淀用的是纯酒精，而不是异丙醇……
如果可能的话是不是要先除去S，或者再加一步除去腐殖酸啊，不知道除腐殖酸的过程有没有可能除去S啊……

[ Last edited by 350784478 on 2009-11-3 at 15:24 ]
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内事不决问百度，外事不决问Google，横批：wikipedia
1楼 2008-11-27 14:01:04
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微笑漩涡

新虫 (著名写手)
★
350784478(金币+1,VIP+0): 11-3 15:24
有可能这个方法不太适合你的样品
可以试试其它的,比如TENP法,先洗上几次后,再用周集中的方法试试.周的方法具有一定的包容性,能用来提取很多环境中的.
另外不妨多在-20放放试试,一晚上也不妨,虽然最后会有一些SDS析出

[ Last edited by 微笑漩涡 on 2008-11-27 at 15:51 ]
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2楼2008-11-27 15:49:20
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
350784478(金币+1,VIP+0): 11-3 15:24
土壤在提取之前一定要用PBS先洗几次，充分洗掉胞外的可溶盐类
然后再用裂解buffer破细胞，离心去土壤
然后后面的步骤就是酚-氯仿抽提或者其他经典路线了
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3楼2008-11-27 17:03:01
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xujb32

银虫 (知名作家)
您好，我下一步有可能做这方面的工作（土壤中菌落多样性分析），请问有什么资料？我的邮箱xujb321@163.com
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江湖笑笑生
4楼2008-11-28 15:26:03
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yxx41

金虫 (小有名气)

感谢沙发和板凳上的兄弟！！

谢谢各位啊，我按各位的建议再改改！希望可以成功啊！
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内事不决问百度，外事不决问Google，横批：wikipedia
5楼2008-11-28 15:59:57
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yxx41

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2008-11-27 17:03:
土壤在提取之前一定要用PBS先洗几次，充分洗掉胞外的可溶盐类
然后再用裂解buffer破细胞，离心去土壤
然后后面的步骤就是酚-氯仿抽提或者其他经典路线了

请问一下你用的PBS是那种？是不是NaH2PO4、NaCl、KCl、KHPO4的？还是Na2HPO4+NaHPO4?还是别的种类的啊？我总是很惆怅PBS，种类太多了……
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内事不决问百度，外事不决问Google，横批：wikipedia
6楼2008-12-04 11:00:54
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
都一样，无所谓的
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7楼2008-12-04 12:58:32
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