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xiaohuochai222

无虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教大家帮我计算一下苯酚和甲醇的分子大小

大家能不能用Hyperchem 或者其他模拟软件帮我模拟一下苯酚和甲醇的分子大小,谢谢大家!

[ Last edited by erylingjet on 2008-11-29 at 15:37 ]
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛,狼的耳朵,豹的速 ...


yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢交流 8-12 13:24
分子大小怎么模拟啊?你是什么意思?
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的,轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-11-28 16:24:49
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长


yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢交流 8-12 13:24
嗯,同问同问,分子大小如何模拟,不明白
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-11-28 16:47:54
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xuefei06

木虫 (正式写手)

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢你的回答!
引用回帖:
Originally posted by xiaohuochai222 at 2008-11-27 11:07:
大家能不能用Hyperchem 或者其他模拟软件帮我模拟一下苯酚和甲醇的分子大小,谢谢大家!

[ Last edited by erylingjet on 2008-11-29 at 15:37 ]

是不是分子的长宽高呀
这样可以用很多软件模拟单个分子,只要进行能量优化就行了
4楼2008-12-03 15:25:21
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bluesky8588

木虫 (小有名气)

yjcmwgk(金币+0,VIP+0):不是能量大小,而是这个分子占据了多大的体积(多少个立方埃),或者分子的长度宽度分别是多少(多少个埃) 8-12 13:25
能量大小?
好运常在!
5楼2009-08-12 13:18:37
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
csfn(金币+5,VIP+0):thx very much 8-12 14:04
关于分子的大小的计算方法,这是有争议的。
(方法1)晶体内,一个晶胞内含有N个分子,这个晶胞的体积是X立方埃,则一个分子的占据的空间体积是(X/N)立方埃
(方法2)溶液内,一个溶质分子排开溶剂分子的体积,就是该分子占据的空间体积
(方法3)这个分子的每个原子所占据的范德华半径球,堆在一起,占据的空间体积(当然,这些堆在一起的范德华半径球之间必定有交叠)
(方法4)规定一个电子云概率密度值。比如0.98或者0.99。电子云概率密度分布函数达到这个值的空间范围,就是该分子占据的空间体积。
另外还听说过N多方法,但我不清楚。
分子体积的计算,这是一个有很大人为因素的性质计算。(如果体积计算也看做是一种性质的话)。在宏观世界中,体积是可以被准确测量的。但是因为量子化学计算中,分子的“体积”的概念的确有严重的人为因素,因为“体积”不是可直接测量的物理量,电子云密度是一个连续变化的量,你无法找到一个“分子的空间边界”。如果说规定“电子云概率密度分布=0.99,就算是分子的空间边界”,那体积就是一个确定的值了。但是,这个规定本身就是人为的。

回到你的问题中:请问你打算用那种算法呢?你没说你的体系在什么环境中,你要算的性质是什么,你的方法和基组是什么,你要对比的系列又是什么?如果让人帮你,我不敢帮这个忙,因为我不敢确定我算出来的体积能否符合你的课题的要求。
=============
又及:

方法4是用得最多的方法。我们为什么不按照其中的方法计算并且比较方法的精确度呢?原因很简单:分子是不能被准确的测量体积的,因此我们按照多种方法分别计算同一个分子的所谓体积,那我也没有实验数据可以与我的理论计算数值相对照。我说:“分子是不能被准确的测量体积的。”看到这句话你不要惊讶,因为分子体积本来就不能被准确测量。分子体积的测量,这是一个有很大人为因素的性质测量。(如果体积也被看做是一种性质的话)。在宏观世界中,体积是可以被准确测量的。但是因为微观世界中,分子的“体积”的概念的确有严重的人为因素,因为“体积”不是可直接测量的物理量,量化公式中没有“体积算符”。因为:电子云密度是一个连续变化的量,你无法找到一个“分子的空间边界”。如果说规定“电子云概率密度=0.99”,那分子的体积就是一个确定的值了。但是,这个规定本身就是人为的。

其实我做论文的时候从来不提“分子体积”这个概念。如果有人非要用方法4,要求我必须说体积,不说不行,我想我也绝不说“某分子的空间体积是xxxx立方埃”这句话,我想我应该会说“甲分子的电子云概率密度分布为0.98的空间体积是72.2立方埃,乙分子的电子云概率密度分布为0.98的空间体积是56.7立方埃,因此甲分子较大”

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-8-12 at 14:09 ]
6楼2009-08-12 13:32:47
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bluesky8588

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
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csfn(金币+2,VIP+0):呵呵 确实 8-12 14:05
楼上说的有一定道理,看样子帮人不是那么容易的!确实有很多方法计算体积,方法不一,没有确定统一的定论。
好运常在!
7楼2009-08-12 13:46:30
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-13 09:07
我在6楼发表了一通“神神叨叨”的论调,楼主估计看疯了吧?

现在直接回答你的问题:不用进行计算我就能猜到——苯酚分子 当然比甲醇分子个头要大得多。呵呵。苯酚分子的长宽均大于甲醇,但是应该不如甲醇分子厚(毕竟苯酚分子太扁了)论“电子云概率密度分布为0.98的空间体积”,估计苯酚分子恐怕相当于甲醇分子的三五倍。

这也是我本人的一个大毛病——时常纠缠于这种概念之争。
分子体积这种模型算是一种很好的模型,是对物理图景的一种直观感受,其实这个模型虽然不真实,却很实用。
以下转引虫友sunday6392在http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1422256这个帖子中的观点:  
试问 有哪些模型是真实的? 点电荷, 点偶模型 都是猜想出来的
但是却可以说明许多问题
这个问题无法得出定论 理想的模型与现实永远不可能完全一致
正如误差永远不可以消除.....

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-8-12 at 14:25 ]
8楼2009-08-12 14:14:38
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-13 09:07
这是用范德华半径球堆积出来的苯酚和甲醇。很直观的看出苯酚比甲醇大三四倍
9楼2009-08-12 16:40:13
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neweroica

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-13 09:07
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-8-12 13:32:
关于分子的大小的计算方法,这是有争议的。
(方法1)晶体内,一个晶胞内含有N个分子,这个晶胞的体积是X立方埃,则一个分子的占据的空间体积是(X/N)立方埃
(方法2)溶液内,一个溶质分子排开溶剂分子的体积, ...

我想楼主的用意可能是计算分子的动力学直径,用于吸附分离的研究罢。
Simpler, stronger, more tolerant
10楼2009-08-12 22:45:56
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