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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS中的径向分布函数的set设置问题
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

[交流] MS中的径向分布函数的set设置问题

我想研究A中的一种原子与B物质中的一种原子之间的RDF，在设置set时，是不是把A中要研究的原子全选设置为一个set，B中的也类似设置为一个set，然后分析就可以了？其二，选轨迹的时候应该时选取最后2000个平衡结构时的轨迹就行了吧（我的总共有10000个轨迹）？
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我的梦想那么大，我却离得那么远！
1楼 2016-10-19 19:55:29
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wjj318 at 2016-10-25 19:48:40
不明白啥叫最后2000个平衡结构的轨迹？？我计算径向分布函数时分析步骤就是和你的一致的，这样分析应该没问题的。

就是做完动力学之后的输出文件，不是用轨迹文件吗？你是用的最后一个吧

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我的梦想那么大，我却离得那么远！
3楼2016-10-25 20:16:03
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wjj318

金虫 (小有名气)
★
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不明白啥叫最后2000个平衡结构的轨迹？？我计算径向分布函数时分析步骤就是和你的一致的，这样分析应该没问题的。
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yeahhanpei
2楼2016-10-25 19:48:40
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分子动力学

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
rdf分析只能用轨迹文件.xtd分析，分析的话当然是平衡后的了，structure选折2000-END.反正平衡后的。冒昧问下楼主，输出10000个轨迹是不是只是远行完后占的内存多了，会不会影响运行速度？

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4楼2016-10-25 21:57:00
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