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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

[交流] MS中的径向分布函数的set设置问题

我想研究A中的一种原子与B物质中的一种原子之间的RDF,在设置set时,是不是把A中要研究的原子全选设置为一个set,B中的也类似设置为一个set,然后分析就可以了?其二,选轨迹的时候应该时选取最后2000个平衡结构时的轨迹就行了吧(我的总共有10000个轨迹)?
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wjj318

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不明白啥叫最后2000个平衡结构的轨迹??我计算径向分布函数时分析步骤就是和你的一致的,这样分析应该没问题的。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-10-25 19:48:40
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wjj318 at 2016-10-25 19:48:40
不明白啥叫最后2000个平衡结构的轨迹??我计算径向分布函数时分析步骤就是和你的一致的,这样分析应该没问题的。

就是做完动力学之后的输出文件,不是用轨迹文件吗?你是用的最后一个吧

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我的梦想那么大,我却离得那么远!
3楼2016-10-25 20:16:03
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分子动力学

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
rdf分析只能用轨迹文件.xtd分析,分析的话当然是平衡后的了,structure选折2000-END.反正平衡后的。冒昧问下楼主,输出10000个轨迹是不是只是远行完后占的内存多了,会不会影响运行速度?

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4楼2016-10-25 21:57:00
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