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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
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关于一篇粘性模拟文章的疑惑
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有看过[compressive shear reactive molecular dynamics studies indicating that cocrystals of TNT/CL-20 decreasing sensitivity]这篇文章的么，文章里说模拟TNT的粘性，办法是优化后依次做npt,nvt,nve三个动力学，其中nve是在shear中做的，前两个都是在动力学中设置的。可是是在常温下做的，常温是固体啊，怎么会有粘性这个概念呢？

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1楼 2016-10-18 10:33:42
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abinitio

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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39楼: Originally posted by yeahhanpei at 2016-10-18 14:55:28
刚才看了这个证明，但shear的help文件中，没有提到那两个公式，搞不懂了...

我不知道你所说的shear是什么软件，反正我们做动力学的基本上都用这两种方法来算黏度
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40楼2016-10-18 15:03:31
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
有懂得交流下嘛，只抢币不说话

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33楼2016-10-18 10:36:43
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abinitio

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
33楼: Originally posted by yeahhanpei at 2016-10-18 10:36:43
有懂得交流下嘛，只抢币不说话

下次要设置成手动发放金币。

------------------------------------

关于问题：在md模拟中，只要不是0K，就会有振动，就会有扩散，所以就会有黏度。固体的黏度要比液态黏度高2-3个数量级。
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35楼2016-10-18 14:11:31
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abinitio

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
35楼: Originally posted by abinitio at 2016-10-18 14:11:31
下次要设置成手动发放金币。

------------------------------------

关于问题：在md模拟中，只要不是0K，就会有振动，就会有扩散，所以就会有黏度。固体的黏度要比液态黏度高2-3个数量级。...

可以参考看看本版专家@brucefan的帖子

计算扩散系数的爱因斯坦公式与格林久保公式的等价性之数学证明 - 分子模拟 - 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10716181&fpage=1
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36楼2016-10-18 14:16:15
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
35楼: Originally posted by abinitio at 2016-10-18 14:11:31
下次要设置成手动发放金币。

------------------------------------

关于问题：在md模拟中，只要不是0K，就会有振动，就会有扩散，所以就会有黏度。固体的黏度要比液态黏度高2-3个数量级。...

按照标题里的那个文献的方法做了下，文章用的是CL-20晶胞然后建超晶胞做的。我换成了另两种物质建层，然后跑动力学，最后出来的结果不是很好，粘性只有0.7-0.8cP左右，而文献里提到的是约1.8cP.而且这做的是常温的。如果我把温度升到熔点以上，按照通常的理解，温度高粘性应该是会小的。可本来都零点几了，这样再做可能就出不了趋势了（不同质量分数的）。还是说，这种做法本来就有问题
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37楼2016-10-18 14:38:17
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
35楼: Originally posted by abinitio at 2016-10-18 14:11:31
下次要设置成手动发放金币。

------------------------------------

关于问题：在md模拟中，只要不是0K，就会有振动，就会有扩散，所以就会有黏度。固体的黏度要比液态黏度高2-3个数量级。...

那如果我把体系升高温度设置成熔融态的话，粘度就会更小了吧
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38楼2016-10-18 14:53:03
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
36楼: Originally posted by abinitio at 2016-10-18 14:16:15
可以参考看看本版专家@brucefan的帖子

计算扩散系数的爱因斯坦公式与格林久保公式的等价性之数学证明 - 分子模拟 - 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10716181&fpage=1...

刚才看了这个证明，但shear的help文件中，没有提到那两个公式，搞不懂了
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39楼2016-10-18 14:55:28
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abinitio

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引用回帖:
38楼: Originally posted by yeahhanpei at 2016-10-18 14:53:03
那如果我把体系升高温度设置成熔融态的话，粘度就会更小了吧...

应该是。md方法肯定是。
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41楼2016-10-18 15:03:56
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
40楼: Originally posted by abinitio at 2016-10-18 15:03:31
我不知道你所说的shear是什么软件，反正我们做动力学的基本上都用这两种方法来算黏度...

是我没说清楚，不好意思。shear是forcite模块的其中一个任务选项

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42楼2016-10-18 16:39:19
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
40楼: Originally posted by abinitio at 2016-10-18 15:03:31
我不知道你所说的shear是什么软件，反正我们做动力学的基本上都用这两种方法来算黏度...

能不能推荐几篇这种方法的文献，谢谢哦
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43楼2016-10-18 17:26:46
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abinitio

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
42楼: Originally posted by yeahhanpei at 2016-10-18 16:39:19
是我没说清楚，不好意思。shear是forcite模块的其中一个任务选项
...

green-kubo 公式就是计算剪切黏度的方法，不知下面的对你是否有用。

The shear viscosity http://www.nyu.edu/classes/tucke ... cture_21/node6.html
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yeahhanpei
44楼2016-10-18 17:30:26
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yeahhanpei

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44楼: Originally posted by abinitio at 2016-10-18 17:30:26
green-kubo 公式就是计算剪切黏度的方法，不知下面的对你是否有用。

The shear viscosity http://www.nyu.edu/classes/tuckerman/stat.mech/lectures/lecture_21/node6.html...

嗯，谢谢你，我看下

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45楼2016-10-18 19:49:48
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