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wangning8880木虫 (初入文坛)
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cif文件中A类错误求助
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A类错误 PLAT214_ALERT_2_A Atom B1 (Anion/Solvent) ADP max/min Ratio 8.00 prola PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X H2B .. H4A .. 1.19 Ang. PLAT221_ALERT_4_A Large Solvent/Anion C Ueq(max)/Ueq(min) ... 5.37 Ratio PLAT223_ALERT_4_A Large Solvent/Anion H Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.39 Ratio B类错误 PLAT360_ALERT_2_B Short C(sp3)-C(sp3) Bond C56 - C57 ... 1.29 Ang. PLAT413_ALERT_2_B Short Inter XH3 .. XHn H2A .. H19 .. 2.04 Ang. PLAT413_ALERT_2_B Short Inter XH3 .. XHn H2B .. H5 .. 2.05 Ang. PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O1 - H1C ... ? PLAT432_ALERT_2_B Short Inter X...Y Contact F2 .. C56 .. 2.77 Ang. PLAT432_ALERT_2_B Short Inter X...Y Contact N4 .. C56 .. 2.87 Ang. 求原因及解决办法？ |
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wangning8880(金币+3,VIP+0):感谢您耐心细致的指导！
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A类错误 PLAT214_ALERT_2_A Atom B1 (Anion/Solvent) ADP max/min Ratio 8.00 prola 考虑是否无序处理 PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X H2B .. H4A .. 1.19 Ang. 氢打架，看看是不是加错 PLAT221_ALERT_4_A Large Solvent/Anion C Ueq(max)/Ueq(min) ... 5.37 Ratio PLAT223_ALERT_4_A Large Solvent/Anion H Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.39 Ratio 考虑是否无序处理 办法：检查shelxl.lst文件，看是否提示拆分原子 B类错误 PLAT360_ALERT_2_B Short C(sp3)-C(sp3) Bond C56 - C57 ... 1.29 Ang. 看是否无序，如原子热参数正常不需要拆分成无序的话，可以考虑dfix固定键长 PLAT413_ALERT_2_B Short Inter XH3 .. XHn H2A .. H19 .. 2.04 Ang. PLAT413_ALERT_2_B Short Inter XH3 .. XHn H2B .. H5 .. 2.05 Ang. 看氢原子是否加错 PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O1 - H1C ... ? 看氢原子的添加方法是否正确 PLAT432_ALERT_2_B Short Inter X...Y Contact F2 .. C56 .. 2.77 Ang. PLAT432_ALERT_2_B Short Inter X...Y Contact N4 .. C56 .. 2.87 Ang. 太近了，原因不详 |
2楼2008-11-25 22:49:56
zhaoyangqufu
至尊木虫 (知名作家)
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PLAT214_ALERT_2_A Atom B1 (Anion/Solvent) ADP max/min Ratio 8.00 prola可以试试ISOR或者EADP命令 PLAT221_ALERT_4_A Large Solvent/Anion C Ueq(max)/Ueq(min) ... 5.37 Ratio PLAT223_ALERT_4_A Large Solvent/Anion H Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.39 Ratio这2个可看成一个错误，修好C之后再加H。同样试试修无序（裂分）或者使用EADP，有时候会有效的。 |
3楼2008-11-25 22:52:19
wangning8880
木虫 (初入文坛)
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查看过shelxl.lst文件，提示裂分原子了： 0.2101 0.0614 0.0445 C3 may be split into -0.3953 0.5785 -0.0719 and -0.4282 0.5569 -0.0724 0.5951 0.1407 0.0945 F13 may be split into -0.0484 -0.2704 0.2468 and -0.1153 -0.2976 0.2446 0.7185 0.1019 0.0123 B1 may be split into -0.1539 -0.2415 0.2392 and -0.2311 -0.2387 0.2235 前面还有提示： Note that these distances are chosen to give the best fit to the X-ray data and so avoid the introduction of systematic error. The true internuclear distances are longer and do not vary with temperature ! The apparent variation with temperature is caused by libration. 想请教一下无序化处理具体该如何操作？我以前从来没有遇到过这种情况 |
4楼2008-11-26 08:12:25