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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组分析 FDR值
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8095172666

银虫 (小有名气)

[求助] 转录组分析 FDR值 已有1人参与

最近做了一次转录组分析，交给公司做的，最后发给我的对照表格里FDR值几乎全部为1。在以FDR小于0.05时，筛选差异基因时为0。请问各位老师这种情况是什么原因，那我最后结果难道就是两个样之间没有差异？
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1楼 2016-10-09 14:39:40
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zhouyanli11

木虫 (著名写手)
您好，我也遇到了这个问题，请问您是怎么解决的？
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科学问题。
5楼2018-04-04 19:36:08
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
8095172666: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-10-11 13:12:21
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-11 13:30:19
xn8008: 应助指数+1 2016-10-11 13:30:26
FDR为1，原因可能是：
1，样本量太少，很难得到有统计学意义的结果。
2. 样本测序质量太差。

其实，看差异表达的结果，并不一定使用FDR，很多参考文献都是使用p value值的。这个值虽然比较松，但是也有统计学意义。
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
2楼2016-10-11 09:31:20
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8095172666

银虫 (小有名气)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-11 13:30:34
引用回帖:
2楼: Originally posted by xingzhou823 at 2016-10-11 09:31:20
FDR为1，原因可能是：
1，样本量太少，很难得到有统计学意义的结果。
2. 样本测序质量太差。

其实，看差异表达的结果，并不一定使用FDR，很多参考文献都是使用p value值的。这个值虽然比较松，但是也有统计学意 ...

样本量少是指平行样少吗？除了FDR，怎么看样本测序质量好坏呢？谢谢
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3楼2016-10-11 13:19:01
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 8095172666 at 2016-10-11 13:19:01
样本量少是指平行样少吗？除了FDR，怎么看样本测序质量好坏呢？谢谢...

样本少，是指平行样本，或者是生物学重复样本少！
测序质量差，直观的结果要看QC值， 如果做了分析，还应该包括测序深度低， 注释的基因数量少， 或者是 检测的表达值空值多等等。
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
4楼2016-10-12 13:12:07
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