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qingchul

新虫 (小有名气)

[求助] 如何在网上查找辣椒疫霉有关基因上下游序列,急 已有1人参与

本人研究方向辣椒疫霉,准备做一个敲除,但是基因下游序列一直扩增不出来,在网上找不到,可能是我水平菜的问题,想请教各位虫友,你们一般怎样查找一个基因的下游序列,我在网上也百度了,很少有与疫霉相关的,谢谢
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木木不喜欢我

金虫 (正式写手)


kuaile5420: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-08 23:07:28
去ncbi找全基因组,然后定位基因,然后 下游,读文献看看有文献报道不

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2楼2016-10-08 22:45:53
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qingchul

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 木木不喜欢我 at 2016-10-08 22:45:53
去ncbi找全基因组,然后定位基因,然后 下游,读文献看看有文献报道不

多谢,想问一下,定位到基因之后,如何下游?
3楼2016-10-08 22:52:46
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木木不喜欢我

金虫 (正式写手)

一般基因有在基因组的起始和结束位置,我以前做的植物,但不知道微生物这种环形的基因组怎么计算起始和结束的,然后知道后在全基因组就可以看到下游序列了

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4楼2016-10-08 23:00:01
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-10-09 22:34:42
ncbi里有,你找到这个菌的目的基因,点进去之后下边有一个图,那里会有该基因在基因组中的位置,表达方向和一些临近基因的信息

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···
5楼2016-10-08 23:06:13
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妞—潇洒

新虫 (正式写手)

gene词条里输入相关基因  进入之后能看到具体定位的位置 染色体什么的  然后下拉找到mapview  点genbank格式  通过调整显示上下游的碱基位置就能知道了

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我只管面朝大海,龇牙咧嘴,至于花爱开不开
6楼2016-10-09 18:30:41
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