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muddbby

铁虫 (初入文坛)

[求助] amber新手求助双金属离子体系动力学模型 已有1人参与

本人amber有一定基础，但是对于含双金属离子的蛋白质体系从来没有接触过，相互作用关系如下图，pdbcode：3oya，求高手指导下怎么跑动力学，或者有相关参考文献指引一下也可，谢谢

amber新手求助双金属离子体系动力学模型
3oya.jpg
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1楼 2016-10-08 22:03:59
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weibaichuan

新虫 (小有名气)
求amber软件

发自小木虫Android客户端
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2楼2017-03-08 01:15:06
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jhjjy2013

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

找一个合适的镁离子的力场参数就行了
一般镁离子都是六配位的，最近发表的力场参数都可以满足你的需要。
如amber15中已经集成的Li&Merz 12-6-4力场：J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 289−297
再如金属阳离子虚拟原子模型力场：J. Chem. Inf. Model. 2015, 55, 2575−2586 或 J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 3250−3260
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3楼2017-03-11 13:47:20
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