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fyz_ok

金虫 (正式写手)

[求助] 原子丢失该怎么处理 已有1人参与

建立了包含几个分子链的高聚物模型,在PPP条件下进行NPT平衡,然后想在SSS条件下进行NVE的模拟,结果总提示原子丢失,请问大家是怎么处理的?有什么经验?

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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

还有,为什么你需要用非周期边界条件?具体想实现什么样的模拟效果?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2016-10-02 02:37:02
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查看全部 5 个回答

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
手册上说与并行计算有关。可以尝试用m代替s。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2016-10-02 02:35:05
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li_xue_song

新虫 (小有名气)

丢失原子一般两种原因,晶格常数不对,势函数参数不合适。你这边界条件也有可能。多试试,调试调试看

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4楼2016-10-03 22:03:20
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fyz_ok

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by brucefan at 2016-10-02 02:37:02
还有,为什么你需要用非周期边界条件?具体想实现什么样的模拟效果?

我想做一个拉伸的模拟。因为建模是在Ms 中进行的,然后转化成data文件,想先在ppp条件下跑平衡,再跑拉伸。但一跑拉伸就报错

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5楼2016-10-11 07:42:30
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