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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 原子丢失该怎么处理
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fyz_ok

金虫 (正式写手)

[求助] 原子丢失该怎么处理 已有1人参与

建立了包含几个分子链的高聚物模型，在PPP条件下进行NPT平衡，然后想在SSS条件下进行NVE的模拟，结果总提示原子丢失，请问大家是怎么处理的？有什么经验？

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1楼 2016-10-01 05:38:13
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
手册上说与并行计算有关。可以尝试用m代替s。

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2楼2016-10-02 02:35:05
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

还有，为什么你需要用非周期边界条件？具体想实现什么样的模拟效果？

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3楼2016-10-02 02:37:02
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li_xue_song

新虫 (小有名气)
丢失原子一般两种原因，晶格常数不对，势函数参数不合适。你这边界条件也有可能。多试试，调试调试看

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4楼2016-10-03 22:03:20
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fyz_ok

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by brucefan at 2016-10-02 02:37:02
还有，为什么你需要用非周期边界条件？具体想实现什么样的模拟效果？

我想做一个拉伸的模拟。因为建模是在Ms 中进行的，然后转化成data文件，想先在ppp条件下跑平衡，再跑拉伸。但一跑拉伸就报错

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5楼2016-10-11 07:42:30
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