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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 高岭石如何修改poscar使晶胞能变成超胞千金散尽！！事后重谢！！！
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宅2014

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by daixiujuan52 at 2016-09-30 07:38:05
用ms转换下吧

谢谢您的回复，但是我还有一个问题，我现在已经得到了一个2×2×1的超胞了（但还是POSCAR的形式），那我想在这个超胞Z方向上加上真空层，那我该如何操作呢？我想是不是可以将POSCAR导入到MS中（应为MS上建的模型可以到处POSCAR,所以感觉可以反着导回到MS中吧？），然后再加真空层，那该怎么操作呢？不知道您您可不可以不厌其烦的详细说明怎么操作呢，加真空层10埃左右。谢谢！！！
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11楼2016-10-02 20:08:31
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小虫虫LG

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by 宅2014 at 2016-10-02 20:08:31
谢谢您的回复，但是我还有一个问题，我现在已经得到了一个2×2×1的超胞了（但还是POSCAR的形式），那我想在这个超胞Z方向上加上真空层，那我该如何操作呢？我想是不是可以将POSCAR导入到MS中（应为MS上建的模型可 ...

加真空层最方便的方法是直接改poscar文件的c轴，一般人我不告诉他。。。
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12楼2016-10-02 21:15:59
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17256378

金虫 (正式写手)
改c轴是不行的。如果poscar采用分数坐标，会把结构原子的z方向变化

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13楼2016-10-03 19:18:42
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17256378

金虫 (正式写手)
楼主，你有poscar,把它直接推进vesta另存为后缀名cif格式，拖进ms找build菜单，里面可以实现你要的。然后保存，再到相应文件夹下找到cif拖进vesta另存为poscar就可以了。或者直接修改poscar这样就要用matlab去一个一个原子z轴算坐标，x y只需要copy就好，好好研究poscar的原子排放规律。结构随意做出来

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14楼2016-10-03 19:26:54
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小虫虫LG

木虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 17256378 at 2016-10-03 19:18:42
改c轴是不行的。如果poscar采用分数坐标，会把结构原子的z方向变化

你都说了如果采用分数坐标如何如何。但是你改成c坐标不就直接可以改了吗
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15楼2016-10-03 20:43:40
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17256378

金虫 (正式写手)
他是2*2*1的模型，x y方向可以拓展也就是说 x y是可以手动修改坐标，加真空层就会相当于每个原子z方向都有个增量，整个结构跟表面重构似的。慢慢研究就懂了，改坐标要明白整个结构，不然就错了。

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16楼2016-10-03 21:00:22
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0Reliance

银虫 (正式写手)
VESTA就可以！

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17楼2016-10-03 21:17:37
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0Reliance

银虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 17256378 at 2016-10-03 19:18:42
改c轴是不行的。如果poscar采用分数坐标，会把结构原子的z方向变化

vesta中可以把分数坐标改成笛卡尔坐标！然后就可以直接在poscar中修改！

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18楼2016-10-03 21:20:07
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yoyoyogurt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蛋蛋小童鞋 at 2016-09-30 00:24:49
把a，b，c扩大4倍，原子数也扩大四倍，但是下面的分数坐标也得改吧，所以我觉得还是用ms好。。。

刚开始接触ms，也会用到高岭石，想请教一下高岭石的晶体模型如何建立呢？

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19楼2016-10-03 21:36:51
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