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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 5’RACE如何确定是否延伸到头？
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machao8405

木虫 (正式写手)

[求助] 5’RACE如何确定是否延伸到头？ 已有1人参与

最近正在做RACE打算拿到一个基因的全长，3’RACE很好理解，延伸到poly-A尾巴即算是延伸到头了，那么5’RACE怎么来确定拿到的结果是否延伸彻底，我根据3’和5’结果取和同源性较高的物种进行比对，有4个基因都是5’端有或多或少的缺失，长得能有好几百bp，请教该如何判断5’端是否延伸完全
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1楼 2016-09-27 22:43:50
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llsllslls92

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-28 08:17:47
这个感觉还真没有办法确认啊 不过只要材料新鲜，且提取的RNA的质量好，做反转录后，再做RACE一般都会是延伸完全了的，应该不用担心这个问题吧。
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2楼2016-09-27 22:55:31
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黄小燥

新虫 (初入文坛)
你好楼主，我想向你请教一下RACE的问题，希望你能指导一下！我菌种是真菌，由于我要的基因全长序列在NCBI上没有报道，所以我首先通过其他菌种的氨基酸序列比对，找到保守序列后用简并引物P出了一段序列，通过blast比对是我的目的基因片段，之后我再用类似方法一直P不出来了。而且我一直是用DNA为模板的，所以我在考虑是不是方法一开始就错了。我想请教一下，通过我现在得到的这部分序列能否得到基因全长，要用什么方法。因为是放养硕士，所以也没有人能给指导，我看了相关的文献，所以在考虑是否能用RACE来解决。
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3楼2017-02-17 11:14:42
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)
我记得有试剂盒，能在5端加个primer adapter，然后就能pcr，测序

发自小木虫IOS客户端
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
4楼2017-02-17 12:54:07
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