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machao8405

木虫 (正式写手)

[求助] 5’RACE如何确定是否延伸到头? 已有1人参与

最近正在做RACE打算拿到一个基因的全长,3’RACE很好理解,延伸到poly-A尾巴即算是延伸到头了,那么5’RACE怎么来确定拿到的结果是否延伸彻底,我根据3’和5’结果取和同源性较高的物种进行比对,有4个基因都是5’端有或多或少的缺失,长得能有好几百bp,请教该如何判断5’端是否延伸完全
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

我记得有试剂盒,能在5端加个primer adapter,然后就能pcr,测序

发自小木虫IOS客户端
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
4楼2017-02-17 12:54:07
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llsllslls92

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-28 08:17:47
这个感觉还真没有办法确认啊 不过只要材料新鲜,且提取的RNA的质量好,做反转录后,再做RACE一般都会是延伸完全了的,应该不用担心这个问题吧。
2楼2016-09-27 22:55:31
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黄小燥

新虫 (初入文坛)

你好楼主,我想向你请教一下RACE的问题,希望你能指导一下!我菌种是真菌,由于我要的基因全长序列在NCBI上没有报道,所以我首先通过其他菌种的氨基酸序列比对,找到保守序列后用简并引物P出了一段序列,通过blast比对是我的目的基因片段,之后我再用类似方法一直P不出来了。而且我一直是用DNA为模板的,所以我在考虑是不是方法一开始就错了。我想请教一下,通过我现在得到的这部分序列能否得到基因全长,要用什么方法。因为是放养硕士,所以也没有人能给指导,我看了相关的文献,所以在考虑是否能用RACE来解决。
3楼2017-02-17 11:14:42
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