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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 请教大神 克隆测序结果和之前转录组测序结果对比有碱基突变
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小李子冲奥

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教大神 克隆测序结果和之前转录组测序结果对比有碱基突变 已有4人参与

克隆后 送菌液测序 结果和之前转录组测序结果对比有少量碱基突变 请问后面如果做原核表达的话 需要把突变的碱基修正后表达么？还是可以用克隆的结果直接往后做  （NCBI上没有人上传此基因序列）
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1楼 2016-09-26 12:07:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

llsllslls92

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kuaile5420: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-26 18:10:57
xn8008: 应助指数+1 2016-09-27 18:20:15
遵照事实来做，只要用的是高保真的酶扩增出来的就可以直接做，可以尽量减少PCR循环时间，胶回收时，紫外照射时间尽可能短点，没事的，每个基因还有点单核苷酸多态性了。
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2楼2016-09-26 13:39:43
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我花了18年

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kuaile5420: 金币+2, 欢迎发帖交流 2016-09-26 18:11:09
xn8008: 应助指数+1 2016-09-27 18:20:20
楼主可以比较下氨基酸序列有没有改变，如果没有可以直接往后面做表达；
如果有突变的，建议多挑几个克隆提质粒（质粒测序好些）后送去测序，看看突变是否都在同一个地方，如果是的话可能不是PCR 问题，如果不是一样的地方，可能是扩PCR 时引起的，祝实验顺利。
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做一件事情，没有值不值得，只是想不想。
3楼2016-09-26 13:51:01
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hrbeijing

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kuaile5420: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-26 18:11:26
xn8008: 应助指数+1 2016-09-27 18:20:25
你要看测序峰图，不能只看序列，有些测序公司测得有干扰时碱基就不准了，如果是这种情况就还得重测一遍，我之前就遇到过这种情况
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6楼2016-09-26 15:18:33
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小李子冲奥

新虫 (初入文坛)
xn8008: 欢迎发帖交流 2016-09-27 18:20:34
引用回帖:
3楼: Originally posted by 我花了18年 at 2016-09-26 13:51:01
楼主可以比较下氨基酸序列有没有改变，如果没有可以直接往后面做表达；
如果有突变的，建议多挑几个克隆提质粒（质粒测序好些）后送去测序，看看突变是否都在同一个地方，如果是的话可能不是PCR 问题，如果不是一样 ...

谢谢大神！！
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4楼2016-09-26 14:17:41
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小李子冲奥

新虫 (初入文坛)
xn8008: 欢迎发帖交流 2016-09-27 18:20:41
引用回帖:
2楼: Originally posted by llsllslls92 at 2016-09-26 13:39:43
遵照事实来做，只要用的是高保真的酶扩增出来的就可以直接做，可以尽量减少PCR循环时间，胶回收时，紫外照射时间尽可能短点，没事的，每个基因还有点单核苷酸多态性了。

谢谢大神！
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5楼2016-09-26 14:19:50
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小李子冲奥

新虫 (初入文坛)
xn8008: 2016-09-27 18:20:46
引用回帖:
6楼: Originally posted by hrbeijing at 2016-09-26 15:18:33
你要看测序峰图，不能只看序列，有些测序公司测得有干扰时碱基就不准了，如果是这种情况就还得重测一遍，我之前就遇到过这种情况

谢谢！
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7楼2016-09-26 21:52:45
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小冀-

版主 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★
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xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-27 18:20:51
如果碱基突变了，你去看一下翻译之后的氨基酸序列有没有变，没变的话还是可以用的

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···
8楼2016-09-26 23:58:20
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小李子冲奥

新虫 (初入文坛)
xn8008: 欢迎发帖交流 2016-09-27 18:20:57
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小冀- at 2016-09-26 23:58:20
如果碱基突变了，你去看一下翻译之后的氨基酸序列有没有变，没变的话还是可以用的

有一条没有变
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9楼2016-09-27 16:27:48
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小冀-

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【答案】应助回帖

xn8008: 欢迎发帖交流 2016-09-27 18:21:02
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9楼: Originally posted by 小李子冲奥 at 2016-09-27 16:27:48
有一条没有变...

那样的话应该能用，翻译出来的蛋白应该会有活性的
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···
10楼2016-09-27 16:51:18
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