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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » MOE软件分析蛋白质与配体小分子相互作用
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Phil宏爷

新虫 (初入文坛)

[求助] MOE软件分析蛋白质与配体小分子相互作用 已有3人参与

请教一下大家，我用autodock做了小分子和蛋白质的对接，然后用moe软件分析对接的结果，分析蛋白质与配体小分子相互作用，2D图如图1，图中紫色，蓝色，绿色虚线分别表示什么意思呢？氢键？
如果改成3D（图2）模式查看的话，发现和2D图不一样，请问又是什么原因？

MOE软件分析蛋白质与配体小分子相互作用
图1.jpg


MOE软件分析蛋白质与配体小分子相互作用-1
图2.png
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1楼 2016-09-20 16:41:45
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wy0326

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Phil宏爷 at 2016-09-26 12:40:51
moe还是非常好用

您好，求教，用MOE做蛋白与小分子的对接，怎么样添加小分子呢？小分子是PDB文件
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11楼2016-10-30 19:55:40
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zwc

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
2D 图是在ligand interaction窗口里面看到的吧，该窗口下面部分有legend，会详细告诉你各个符号代表的含义。
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CHEM-IS-TRY
2楼2016-09-20 18:46:22
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Phil宏爷

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zwc at 2016-09-20 18:46:22
2D 图是在ligand interaction窗口里面看到的吧，该窗口下面部分有legend，会详细告诉你各个符号代表的含义。

对，是在ligand interaction窗口里面看到的。下面虽然有说定义，但没说是什么作用，紫色虚线说是metal contact
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3楼2016-09-20 20:00:50
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
图2是用autodock做的图？
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4楼2016-09-21 14:40:52
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