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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 天然药物化学 » 《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”
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哥特复兴VS

铁虫 (小有名气)

[交流] 《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”

读懂天然产物系列之“眼观全局，谱谋一域”


[1]Han-Dong Sun，Yi-Ming Shi：LC−UV-Guided Isolation and Structure Determination of Lancolide E: A Nortriterpenoid with a Tetracyclo [5.4.0.02,4.03,7] undecane-Bridged System from a “Talented” Schisandra Plant. 2016, 18 (1), 100-103
[2]Ping Li, Chunlin Long：UPLC-QTOFMSE-Guided Dereplication of the Endangered Chinese Species Garcinia paucinervis to Identify Additional Benzophenone Derivatives. 2016, 79 (6), 1619–1627
[3]Jeramie Watrous,Pieter C. Dorrestein:Mass spectral molecular networking of living microbial colonies. 2012, 109（26）, E1743–E1752.
题记：
       阅读文献的时候，在一些文献里总能看到不同思想在在植化的某个领域的运用，作者用他们的思路去探索着一个个充满向往的未知领域。在探索的过程中他们的思路可谓“百花齐放百家争鸣”，最终通过艰辛的实践获得了娇人的成绩。作为一名奋斗在植化科研一线的我们，大多都想尽量避开对已知化合物的重复分离工作，而去寻找一些更具有魅力的化合物，在尝试用各种方法来提高对目标产物的分离纯化效率，不同方法孕育而生，如：采用活性追踪指导分离，以液质为导向的指导分离等，以下文献介绍了一些方法也值得我们借鉴：

      【1】该文章出自孙汉董老师课题组在五味子属的狭叶五味子的研究中，利用HPLC-UV对比他们长期经过累积创建的一个SNTs的HPLC-UV数据库，然后经过其指导分离得到结构比较新颖的化合物，Lancolide E。
     “五味子降三萜”(Schinortriterpenodis，SNTs)：(i)仅从五味子科植物中分离得到的一类具有C26到C29骨架新颖的萜类化合物；(ii)与常规环阿廷烷型三萜相比，五味子降三萜具有3,4-氧化断裂、9,10-断裂扩环、C-18和/或C-28氧化脱羧降碳、侧链环合形成五元或六元内酯环四个基本特征。
概述：
       文章开始简述了该课题组十余年对五味子科的研究成果，从开启五味子降三萜里程碑的研究开始，到从该科植物分离得到的结构新颖的化合物被一些课题组作为合成目标，然后讲述该课题组利用HPLC-UV数据库的对比分离成功获得结构比较新颖的五味子降三萜（SNTs）并对该类型化合物的UV谱进行一些简单总结（估计该课题组对五味子里面各种骨架类型的化合物都建立了这样的库）。作者对1.3mg的样品，进行了各种波普数据的测定，此处列出部分分数据：

《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”



     作者对如此少量的化合物进行多种结晶条件的摸索，最后成功培养出晶体，以下是作者对该化合物结晶的实践而得出影响结晶的因素：

《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”-1


     由于在结构解析及可能的生源途径方面还没太多经验，我们一起了解一下可能的生源途径：

《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”-2


总结：
      1、在孙汉董院士的带领下，研究组经过近20年的努力，对24种国产的五味子科植物开展了其化学成分及其生物活性的系统深入研究，分离鉴定了425个新化合物，（至2015年11月）他们也成了HPLC-UV数据库不可或缺的一员。很多实验室或多或少都在用HPLC进行样品的分离及纯化，如果我们建立了一个跟孙老师他们课题组相似的化合物库，那我们在以后一个延续性的研究中就会节省很多时间，该方法使用的范围广，基本的实验室都具备组建一个小型某类型或某种植物化合物库。每次读孙老师课题组的文献都会有一种震撼感：在枯燥繁重的科研中，坚持系统性研究，在一科一属中形成自己的体系，向下深入，他们课题组在此科此属研究的让人仰慕！

     【2】该文章采用超高效液相串联四级杆飞行时间质谱（UPLC-QTOFMSE）去重的方法对濒危植物金丝李（Garcinia paucinervis）进行提取分离得到5个新化合物，paucinones E−I，并且采用各种波普对其结构进行确定，对它们的生物活性进行了一些测试。
概述：
      文章对金丝李的药效进行了一些描述，介绍了该植物所含的化合物主要骨架类型：聚异戊烯基苯甲酮及聚异戊烯基polyprenylated acylphloroglucinols（PIBs、PPAPs）及其生物活性（对人的癌细胞的细胞毒活性，抗菌、抗HIV，抗氧化、消炎）。对该植物的提取也是比较常规的方法，得到的每一个萃取部分采用UPLC-QTOFMSE高效分析快速的得到5个新的苯丙酮类化合物。作者的实验思路如下图所示：

《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”-3



      金丝李初提后用硅胶柱将其分成9段然后每个段采用UPLC-QTOFMSE法（用MS获得精确的分子离子峰，用MSE方法获得碎片离子峰从而找到含苯甲酮的段），然后对目标段进行细分。

《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”-4



     一个样品的HRMSE谱

《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”-5



    化合物paucinones E的碎片峰分析。

《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”-6



总结：
UPLC-QTOFMSE具有很多优势：
1、相比活性跟踪分离此法在原料的量上相对较少，对已知骨架类型化合物生物活性的跟踪分离效果好。
2、相比LC-MS/MS跟踪分离，它能相对准确的识别分子式相同取代基位置不同的化合物，不需要重复进样。
3、对含复杂化合物的样品检测效果好灵敏度高。

    【3】文章采用质谱-分子聚类网对在培养皿里生活的微生物进行次级代谢产物的研究，用这种方法作者可以不用对样品进行处理而直在微生物的培养皿中测定实验数据，了解不同时期微生物的代谢产物的差别，从而进行相应的评估，质谱-分子聚类网具有高灵敏度，高效、应用广等优点。
概述：
    NanoDESI采用注射泵或者HPLC通过一个初级的被融化了的二氧化硅毛细管在取样层进行取样，然后对样品进行分析（具体过程见视频）。

《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”-7


    质谱-分子聚类网的运用：
1、它可以确定已知化合物及一些新的化合物；
2、NanoDESI是在样品表面进行取样，但是样品含化合物的多少会影响它的效率；
对于MS对每个分子产生的MS/MS碎片离子峰都不一样，用这个特性作者对的MS产生的碎片离子峰进行整理而形成了一个分子网，用于对化合物进行分析及指导分离。

《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”-8


    为了获得更加详细的质谱数据形成的分子网络，作者用不同的溶剂（1、用乙腈：0.05%的水=65:35，2、甲醇：乙腈：甲苯=50:35:15），为了验证NanoDESI的适用范围广作者还对Streptomyces coelicolor, S. Marcescens ES129，M. Smegmatis MC2，P. aeruginosa PAO1进行里相关测试。

《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”-9


总结：
    NanoDESI MS的应用范围不只限于液体培养基，我们也可以尝试将植物提取分离到一定程度的样品用该法进行像作者这样的实验，可以达到用“眼观全局”（所含化合物类型，目标化合物的跟踪），这样用它形成的“谱谋一域”的目标。

由于时间仓促和个人水平有限，书写过程中一定有很多不足，请各位虫友海涵、不吝赐教，谢谢！
《读懂天然产物系列》淘帖链接 :  http://muchong.com/bbs/taotie.php?action=view&ttid=55868
《读懂天然产物系列》第二季开帖篇 : http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8620515&fpage=1
《读懂天然产物系列》 上一帖--34--“退一步天阔天空 :  http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10563320&fpage=1
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[ Last edited by 哥特复兴VS on 2016-9-20 at 18:06 ]
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1楼 2016-09-20 15:00:43
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哥特复兴VS

铁虫 (小有名气)
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-09-20 18:08:11
引用回帖:
30楼: Originally posted by jiyannangxj at 2016-09-20 16:26:11
写的不错，感谢分享！目前来讲，质谱指导下的天然产物特定类型化合物的分离，效率上比活性追踪方法，提高了很多很多。强大的仪器设备+强大的谱图分析软实力，才是成功的关键。
羡慕之余，不禁要问，这种模式，也只 ...

恩恩，你说的不无道理，在一些不知名的学校确实存一些问题，但是当我们没有条件的时候我们应该积极的去了解那些技术，弄不好那天我们就可以用了呢，其次我们应该充分发挥我们自己实验室的特点，努力利用自己的资源，我个人看到很多没有您说的那些资源的研究生用自己实验室的设备，他们做的成果有些不比拥有好资源的差，加油！
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51楼2016-09-20 18:03:37
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云中鸿鹄

金虫 (著名写手)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
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哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:03
在昆植所孙院士等一些老师就某一小领域展开系统的化学成分研究，而且做得非常出色，工作很漂亮，值得天然产物研究者学习。其实我觉得做科研就应该如此，术业有专攻，盯住某一小点，深入发掘，争取能在这片小天地做出权威，从而也可以避免与国内其他同行的竞争。帖子第三部分提到的“质谱-分子聚类网”方法，看起来高大上，个人还是第一次听说，算是开开眼界，希望今后这些新技术新方法能够普遍应用到科研当中去，切实高效地推动科学的进步。
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86楼2016-09-21 09:24:17
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18944605597

金虫 (小有名气)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 22:16:52
他们有800MHz核磁   1.3mg  不是谁都能搞的啊
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112楼2016-09-21 17:13:34
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GWBST

金虫 (著名写手)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
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哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:29
楼主选取三篇文献，各有千秋，也都很具有代表性，第一篇孙老师课题组利用HPLC-UV对比他们的研究经过长期累积创建的一个SNTs的HPLC-UV数据库，这是经过多少年的经验积累才达到的，做科研要善于总结和积累，当你总结积累到一定程度后再进行实验就会事半功倍。第二篇采用超高效液相串联四级杆飞行时间质谱（UPLC-QTOFMSE）去重的方法进行指导分离，找到含有苯甲酮的片段，这需要很好的质谱分析能力，现在各种先进的仪器摆在那，各种连用技术，使天然产物分离越来越有针对性，对软件“人的专业知识”要求也越来越高。第三篇感觉很高大上，有点没看懂，学习中，楼主辛苦了，谢谢分享
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hukun100
152楼2016-09-22 21:50:34
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hukun100

木虫 (正式写手)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
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哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:33
引用回帖:
152楼: Originally posted by GWBST at 2016-09-22 21:50:34
楼主选取三篇文献，各有千秋，也都很具有代表性，第一篇孙老师课题组利用HPLC-UV对比他们的研究经过长期累积创建的一个SNTs的HPLC-UV数据库，这是经过多少年的经验积累才达到的，做科研要善于总结和积累，当你总结积 ...

第三篇，个人感觉，作者所设计的仪器固然很不错，而实际上后面所涉及的molecular networking的思路对于我们或许是有一点借鉴意义的，当然遗憾的是，我并没能去真正的实践这种方法，所以仅仅纸上谈兵地说说我的看法：
首先，这种方法说起来有点类似于质谱的“微谱”，每个化合物在MS/MS下都会有一定的碎裂模式，从而形成一些特定的碎片离子，而理论上化合物的结构越相近，其碎裂模式应当也越相近。将化合物的碎片离子的质荷比转化成一组数字，就可以像微谱中比较两组碳谱数据那样，比较两组碎片离子的相似度。以上是基本原理，至于network的生成，首先，把测试的混合样品中各母离子峰当做一个节点（node），然后将各母离子的碎片离子两两进行对比，设置一个相似度阈值，相似度达到阈值以上即在两个节点之间连线（edge），且相似度越高，edge越粗，这样最终就形成了一个molecular network，理论上讲，在网络中距离越近，无疑代表结构更相近！
其次，关于应用，大致有以下几个方面：（1）去重复，或者说指导分离，这个话题dorrestein专门在JNP上发了一篇文章（Molecular Networking as a Dereplication Strategy），近期也有文章运用这个策略指导分离（Targeted Isolation of Indolopyridoquinazoline Alkaloids from Conchocarpus fontanesianus Based on Molecular Networks）；（2）监测“变化”（因为毕竟可以大致看到一个样品中一定分子量范围内化合物的“全景”），比如微生物相互作用前后成分变化（Microbiota of Healthy Corals Are Active against Fungi in a Light-Dependent Manner）；（3）其他可以根据原理灵活运用了。
最后，相关问题：（1）作者在那篇PNAS里面network的成分大多是肽类，其分子离子的碎裂是不是会比其他天然产物类别更有规律性，换句话说，其他天然产物的碎裂是否有那么强的规律性；（2）由于这种方法下只能定性，不能定量，实际要指导分离的话或许也比较困难，但在方法上简化或变通一下应当还是可以用的；（3）该方法里质谱数据的处理是否会比较繁琐；（4）质谱的重复性问题
目前想到的就这些，Dorrestein这位学者在质谱方面还是很有建树的，做了很多工作，有兴趣可以了解下（http://dorresteinlab.ucsd.edu/Dorrestein_Lab/Welcome.html）！
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155楼2016-09-23 10:26:26
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星星火燎原

铁虫 (正式写手)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:37
不错，LC-MS导向发现新化合物具有很大的潜力。北大的叶敏教授课题组研究了生姜中的化合物，利用质谱裂解碎片发现了八百多的微量新化。个人觉得，液质寻找新化或许会成为趋势。
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169楼2016-09-24 14:28:50
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GWBST

金虫 (著名写手)

哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:41
引用回帖:
155楼: Originally posted by hukun100 at 2016-09-23 10:26:26
第三篇，个人感觉，作者所设计的仪器固然很不错，而实际上后面所涉及的molecular networking的思路对于我们或许是有一点借鉴意义的，当然遗憾的是，我并没能去真正的实践这种方法，所以仅仅纸上谈兵地说说我的看法 ...

这种技术是不是在生物合成或者生源途径推导中更好
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hukun100
174楼2016-09-24 21:56:28
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hukun100

木虫 (正式写手)
送红花一朵
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:56
引用回帖:
174楼: Originally posted by GWBST at 2016-09-24 21:56:28
这种技术是不是在生物合成或者生源途径推导中更好...

我觉得方法是死的，但是你可以把它运用到不同的方面，把它用活，只是看你怎么用吧
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202楼2016-10-04 11:04:29
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plu3263

新虫 (小有名气)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
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哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:59
对MS-network感兴趣的人可以看一下这个文章
Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking

http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n8/full/nbt.3597.html
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203楼2016-10-04 13:36:54
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liushasha981

银虫 (初入文坛)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:49:02
在科研过程中，总结是很重要的，孙老师课题组经过多年的努力建立化合物数据库，为其课题组以后的研究节省了大量的时间，孙老师的坚持以及先进的科学思维，值得很多的科研工作者学习。
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204楼2016-10-08 11:52:11
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哥特复兴VS

铁虫 (小有名气)
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 22:18:22
引用回帖:
86楼: Originally posted by 云中鸿鹄 at 2016-09-21 09:24:17
在昆植所孙院士等一些老师就某一小领域展开系统的化学成分研究，而且做得非常出色，工作很漂亮，值得天然产物研究者学习。其实我觉得做科研就应该如此，术业有专攻，盯住某一小点，深入发掘，争取能在这片小天地做出 ...

孙老师课题组在学术上没说的，他培养出来的学生也映射着他的各种优点，在跟他们接触的过程中受到一些熏陶，“质谱-分子聚类网”这个方面的方法现在16年出来跟其他方面的结合更加实用
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206楼2016-10-09 21:53:49
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哥特复兴VS

铁虫 (小有名气)
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 22:18:25
引用回帖:
155楼: Originally posted by hukun100 at 2016-09-23 10:26:26
第三篇，个人感觉，作者所设计的仪器固然很不错，而实际上后面所涉及的molecular networking的思路对于我们或许是有一点借鉴意义的，当然遗憾的是，我并没能去真正的实践这种方法，所以仅仅纸上谈兵地说说我的看法 ...

O(∩_∩)O谢谢各位积极参与讨论，前段时间没经常上网没能及时回复。“molecular networking”我认为可以向“液-质”发展，对培养皿李的微生物代谢产物进行及时的分析，但是在植物上，首先可以用该思想进行各种条件（温度，时间，气候，地域）不同代谢产物的对比分析，他的优点在于不用对粗样进行处理就可以直接对我们样品的粗分物进行各种分析，这样对于一个课题组刚接触一个种对其进行化合物类型的一个鉴定这样在某种程度上可以加快实验进度，对实验也有指导意义。
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207楼2016-10-09 22:03:37
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哥特复兴VS

铁虫 (小有名气)
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 22:18:28
引用回帖:
174楼: Originally posted by GWBST at 2016-09-24 21:56:28
这种技术是不是在生物合成或者生源途径推导中更好...

嗯嗯，改技术主要还是用于鉴别化合物及其类型，对微量成分有很好的识别作用，孙老师在五味子里分到的新骨架，有生源途径的推导在一定程度上就是基于对分到化合物进行解析而得，具体可以看看他们在五味子上的OL及关于五味子的NPR，至于其他种还没时间好好研究。。。。。。
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209楼2016-10-09 22:11:42
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哥特复兴VS

铁虫 (小有名气)
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 22:18:31
引用回帖:
203楼: Originally posted by plu3263 at 2016-10-04 13:36:54
对MS-network感兴趣的人可以看一下这个文章
Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking

http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n8 ...

O(∩_∩)O谢谢您的补充，这篇文献我也看过，但是因为时间关系没能介绍一下、、、、、、
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210楼2016-10-09 22:12:51
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哥特复兴VS

铁虫 (小有名气)
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 22:18:34
引用回帖:
112楼: Originally posted by 18944605597 at 2016-09-21 17:13:34
他们有800MHz核磁   1.3mg  不是谁都能搞的啊

这个量确实是少，但是这也让我反思，假如这个样品在我手上，连纯化都困难，更不要说通过结晶还有其他方法确定相对构型跟绝对构型，但是这也在一定程度上鞭策我以后在实验上的细致，及各种技术的精致。一起努力！
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211楼2016-10-09 22:16:46
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jiyannangxj

至尊木虫 (著名写手)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
写的不错，感谢分享！目前来讲，质谱指导下的天然产物特定类型化合物的分离，效率上比活性追踪方法，提高了很多很多。强大的仪器设备+强大的谱图分析软实力，才是成功的关键。
羡慕之余，不禁要问，这种模式，也只能出现在经费财力雄厚的高校或者研究所，倒是那些学科开展了十几年，几十年的不知名小学校，至今还在刮板制备，甚至于测个核磁还要送去别的高校的研究生们，不免让人唏嘘。方法我懂，设备没有，咋办呢？教育公平希望不是口号而已。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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30楼2016-09-20 16:26:11
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Fay90

铁虫 (初入文坛)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
207楼: Originally posted by 哥特复兴VS at 2016-10-09 22:03:37
O(∩_∩)O谢谢各位积极参与讨论，前段时间没经常上网没能及时回复。“molecular networking”我认为可以向“液-质”发展，对培养皿李的微生物代谢产物进行及时的分析，但是在植物上，首先可以用该思想进行各种条件 ...

目前，仪器不成问题后该方法越来越多运用在寻找药用植物差异代谢物上，难点还是在于后面的质谱解析、化合物如何确认。同时，Q-TOF仪器我一个单位就一台，直接一年都排完了。。。。
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221楼2016-11-28 17:08:47
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zwfwgl

银虫 (小有名气)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
中药一直是一座巨大的宝库，需要我们运行先进的技术来挖掘它，让他呈现出固有的魅力和价值
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3楼2016-09-20 15:14:20
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luna1987

银虫 (正式写手)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
没有看懂。。。
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8楼2016-09-20 15:29:32
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tableman

木虫之王 (文学泰斗)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主了。
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18楼2016-09-20 15:49:10
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Andy8226

银虫 (小有名气)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
加油
回复此楼
21楼2016-09-20 16:07:11
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gancao1

新虫 (小有名气)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
mobai
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44楼2016-09-20 17:04:19
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哥特复兴VS

铁虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by luna1987 at 2016-09-20 15:29:32
没有看懂。。。

不好意思，刚传帖子，各种不懂，出来一下失误，现在该的差不多了，应该可以跟好懂了，O(∩_∩)O谢谢你的关注
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50楼2016-09-20 17:48:32
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dsctg2楼
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