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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 天然药物化学 » 《读懂天然产物系列》--35--“眼观全局，谱谋一域”
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GWBST

金虫 (著名写手)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
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哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:29
楼主选取三篇文献，各有千秋，也都很具有代表性，第一篇孙老师课题组利用HPLC-UV对比他们的研究经过长期累积创建的一个SNTs的HPLC-UV数据库，这是经过多少年的经验积累才达到的，做科研要善于总结和积累，当你总结积累到一定程度后再进行实验就会事半功倍。第二篇采用超高效液相串联四级杆飞行时间质谱（UPLC-QTOFMSE）去重的方法进行指导分离，找到含有苯甲酮的片段，这需要很好的质谱分析能力，现在各种先进的仪器摆在那，各种连用技术，使天然产物分离越来越有针对性，对软件“人的专业知识”要求也越来越高。第三篇感觉很高大上，有点没看懂，学习中，楼主辛苦了，谢谢分享
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hukun100
152楼2016-09-22 21:50:34
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hukun100

木虫 (正式写手)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:33
引用回帖:
152楼: Originally posted by GWBST at 2016-09-22 21:50:34
楼主选取三篇文献，各有千秋，也都很具有代表性，第一篇孙老师课题组利用HPLC-UV对比他们的研究经过长期累积创建的一个SNTs的HPLC-UV数据库，这是经过多少年的经验积累才达到的，做科研要善于总结和积累，当你总结积 ...

第三篇，个人感觉，作者所设计的仪器固然很不错，而实际上后面所涉及的molecular networking的思路对于我们或许是有一点借鉴意义的，当然遗憾的是，我并没能去真正的实践这种方法，所以仅仅纸上谈兵地说说我的看法：
首先，这种方法说起来有点类似于质谱的“微谱”，每个化合物在MS/MS下都会有一定的碎裂模式，从而形成一些特定的碎片离子，而理论上化合物的结构越相近，其碎裂模式应当也越相近。将化合物的碎片离子的质荷比转化成一组数字，就可以像微谱中比较两组碳谱数据那样，比较两组碎片离子的相似度。以上是基本原理，至于network的生成，首先，把测试的混合样品中各母离子峰当做一个节点（node），然后将各母离子的碎片离子两两进行对比，设置一个相似度阈值，相似度达到阈值以上即在两个节点之间连线（edge），且相似度越高，edge越粗，这样最终就形成了一个molecular network，理论上讲，在网络中距离越近，无疑代表结构更相近！
其次，关于应用，大致有以下几个方面：（1）去重复，或者说指导分离，这个话题dorrestein专门在JNP上发了一篇文章（Molecular Networking as a Dereplication Strategy），近期也有文章运用这个策略指导分离（Targeted Isolation of Indolopyridoquinazoline Alkaloids from Conchocarpus fontanesianus Based on Molecular Networks）；（2）监测“变化”（因为毕竟可以大致看到一个样品中一定分子量范围内化合物的“全景”），比如微生物相互作用前后成分变化（Microbiota of Healthy Corals Are Active against Fungi in a Light-Dependent Manner）；（3）其他可以根据原理灵活运用了。
最后，相关问题：（1）作者在那篇PNAS里面network的成分大多是肽类，其分子离子的碎裂是不是会比其他天然产物类别更有规律性，换句话说，其他天然产物的碎裂是否有那么强的规律性；（2）由于这种方法下只能定性，不能定量，实际要指导分离的话或许也比较困难，但在方法上简化或变通一下应当还是可以用的；（3）该方法里质谱数据的处理是否会比较繁琐；（4）质谱的重复性问题
目前想到的就这些，Dorrestein这位学者在质谱方面还是很有建树的，做了很多工作，有兴趣可以了解下（http://dorresteinlab.ucsd.edu/Dorrestein_Lab/Welcome.html）！
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155楼2016-09-23 10:26:26
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abc75

木虫 (知名作家)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
支持一下！
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160楼2016-09-23 16:33:38
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薛灵爱

新虫 (小有名气)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
哪个学校有微谱数据库，谢谢！

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165楼2016-09-24 00:18:46
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星星火燎原

铁虫 (正式写手)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:37
不错，LC-MS导向发现新化合物具有很大的潜力。北大的叶敏教授课题组研究了生姜中的化合物，利用质谱裂解碎片发现了八百多的微量新化。个人觉得，液质寻找新化或许会成为趋势。
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169楼2016-09-24 14:28:50
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GWBST

金虫 (著名写手)

哥特复兴VS: 回帖置顶 2016-10-09 21:48:41
引用回帖:
155楼: Originally posted by hukun100 at 2016-09-23 10:26:26
第三篇，个人感觉，作者所设计的仪器固然很不错，而实际上后面所涉及的molecular networking的思路对于我们或许是有一点借鉴意义的，当然遗憾的是，我并没能去真正的实践这种方法，所以仅仅纸上谈兵地说说我的看法 ...

这种技术是不是在生物合成或者生源途径推导中更好
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hukun100
174楼2016-09-24 21:56:28
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朱十伟

新虫 (初入文坛)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
中药的资源开发及成分分析鉴定是很有前途的。

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185楼2016-09-25 13:10:19
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skyzhangy

木虫 (正式写手)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
不错
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187楼2016-09-25 21:30:48
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sony8620

铁杆木虫 (文学泰斗)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
谢谢

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190楼2016-09-26 04:18:06
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liuqiang68

至尊木虫 (文坛精英)
★
哥特复兴VS(金币+1): 谢谢参与
加油！
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191楼2016-09-26 05:41:48
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woxue_888151楼
2016-09-22 15:27   回复  
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1806352533153楼
2016-09-23 08:30   回复  
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DECHIBIO154楼
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just1emper156楼
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qdbeer157楼
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zuixia530158楼
2016-09-23 14:02   回复  
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blueteeth159楼
2016-09-23 14:36   回复  
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zhchzhsh2076161楼
2016-09-23 16:58   回复  
祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福
math3162楼
2016-09-23 18:07   回复  
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mikelshan163楼
2016-09-23 18:19   回复  
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fdzjm164楼
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cewxd166楼
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海涯双侠1167楼
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maozhuxi1976168楼
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zlnl525170楼
2016-09-24 20:02   回复  
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纳米材料753171楼
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jixiangbao172楼
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dsctg173楼
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ningxinruyi176楼
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JOEF177楼
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剑之横178楼
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凝心如一179楼
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airfly182楼
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cherry_520186楼
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springsunyj188楼
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laozhu5572189楼
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探索社会192楼
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spc08193楼
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砍人194楼
2016-09-26 11:48   回复  
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fengpanpan195楼
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在等我一会196楼
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hh
志子197楼
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ybxjvzj61198楼
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812401114199楼
2016-09-26 21:22   回复  
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5134450200楼
2016-09-26 22:31   回复  
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