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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)

[求助] miRNA实时荧光定量PCR内参基因U6序列如何获得? 已有2人参与

最近想做miRNA的qRT-PCR,从文献中看到大都用U6做内参基因。我们这个物种是一种非模式植物,miBase数据库也没有任何关于该物种的miRNA记录,我们前期进行了miRNA测序,但公司给的结果的中只鉴定到72个miRNA,其中部分能够比对到32个miRNA家族。这些结果中也没有关于U6的信息。我该如何获得U6序列。以便设计引物?求大神指教!!!不同物种间U6保守型如何,可以根据其他物种保守序列设计引物吗?
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匿名

用户注销 (著名写手)

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3楼2016-09-22 22:22:43
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过烟云烟

铁杆木虫 (著名写手)

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-09-25 22:28:52
u6是通用的内参,我以前做海参也用这个,还有u6是small nuclear rna,不是mirna

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不要因为别人交卷了,就乱选答案
4楼2016-09-22 22:54:16
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普通回帖

央宗兰泽

新虫 (初入文坛)

U6序列可以从文献或者网上百度到

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2楼2016-09-20 09:31:44
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by pf790352975 at 2016-09-22 22:22:43
植物不懂 ,U6都是现成的内参啊   你怎么只有72miRNA  这也太少了吧

,谢谢,我们的是无参考基因植物,木本植物,没有人做过
5楼2016-09-24 10:12:23
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 央宗兰泽 at 2016-09-20 09:31:44
U6序列可以从文献或者网上百度到

不同物种保守性很高吗?
6楼2016-09-24 10:12:57
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存世孤品

新虫 (小有名气)

我最近也要做这个,请问你的miRNA有多长啊,怎么设计引物?

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7楼2016-09-25 20:53:30
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 存世孤品 at 2016-09-25 20:53:30
我最近也要做这个,请问你的miRNA有多长啊,怎么设计引物?

希望有所帮助

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  • 附件 1 : 茎环法反转录及pcr原理.docx
  • 2016-10-04 19:04:16, 3.19 M
8楼2016-10-04 19:04:42
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 央宗兰泽 at 2016-09-20 09:31:44
U6序列可以从文献或者网上百度到

不同物种的U6一样吗?NCBI上能查到一种
>gi|1046754242|ref|NR_138085.1| Solanum lycopersicum U6 small nuclear RNA (U6), small nuclear RNA
GTCCCTTCGGGGACATCCGATAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCATGGCCCCTGCGCAAGGATG
ACACGCACAAATCGAGAAATGGTCCAAAATTTT
但是我们这个是木本植物,没有记录,可以用吗?谢谢
9楼2016-10-04 20:57:47
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by pf790352975 at 2016-09-22 22:22:43
植物不懂 ,U6都是现成的内参啊   你怎么只有72miRNA  这也太少了吧

网上查到一个物种的U6:
>gi|1046754242|ref|NR_138085.1| Solanum lycopersicum U6 small nuclear RNA (U6), small nuclear RNA
GTCCCTTCGGGGACATCCGATAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCATGGCCCCTGCGCAAGGATG
ACACGCACAAATCGAGAAATGGTCCAAAATTTT

我们是一种木本植物,可以用这个序列吗?
10楼2016-10-04 20:59:04
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