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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】金币换取有离子参加的化学反应过渡态的计算实例
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majun04

木虫 (著名写手)

majun

[交流] 【求助】金币换取有离子参加的化学反应过渡态的计算实例

用Gaussian03做有正价离子（氢离子或者金属离子）催化的化学反应，在寻找反应路径中的过渡态。

目前困难：
游离的氢离子和乙腈作用，氢离子和氮原子成键过渡态找不到。成键后的稳定态已经找到。但是乙腈和氢离子在同一个文件中优化怎么也不收敛，改变方法依然没有找到。因此用QST2方法找，不成功。自己设计过渡态优化结果不收敛，要么502错误，要么氢优化过程中，和氮原子成键（回到定点，并非过渡态）。

求助内容：
提供金属离子（或者氢离子）与有机物分子在同一个文件中优化的方法。在此状况下离子和分子并没有任何相互作用，仅仅是为了读取能量基点（或者方便用于QST2方法的输入文件）。
提供有氢离子或者金属离子（带正电荷的）参与的催化反应中，金属离子（或者氢离子）与反应物成键（或者断键），过渡态的寻找方法。
最好是提供具体的命令参数

调试很久依然没有成功，请高手帮忙！重金答谢！
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乐观、执着、勤奋
1楼 2008-11-20 11:58:37
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jqhejia

银虫 (正式写手)
★ ★
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你，尝试了，不行的。
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
用QST2方法找过渡态，不如改用qst3试试，成功几率大些
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2楼2008-11-20 23:15:43
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604gq
3楼2008-11-21 00:30:52
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dolphin618

金虫 (正式写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
你这个是气相中的反应吗？有没有想过用水合氢离子代替氢离子呢
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生命本就是不可名说的缘法，可又有谁愿做菩提下微笑拈起的莲花？
4楼2008-11-21 04:41:25
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
引用回帖:
Originally posted by dolphin618 at 2008-11-21 04:41:
你这个是气相中的反应吗？有没有想过用水合氢离子代替氢离子呢

这个就是在做《基础有机化学》（邢其毅）上册，540页的酸催化乙腈水解的机理呢。
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乐观、执着、勤奋
5楼2008-11-21 09:16:03
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dolphin618

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
majun04(金币+3,VIP+0):谢谢你！
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by majun04 at 2008-11-21 09:16:


这个就是在做《基础有机化学》（邢其毅）上册，540页的酸催化乙腈水解的机理呢。

所以你是在first step 就出现问题了？ 质子化的过程一定存在过渡态吗，我觉得不一定吧，另外就是你可以用H3O+ 代替H+ 试一下
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生命本就是不可名说的缘法，可又有谁愿做菩提下微笑拈起的莲花？
6楼2008-11-22 04:37:23
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
majun04(金币+10,VIP+0):谢谢你！
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
帮你扫了一下势能面，H+和N原子的距离从1.0扫到2.0，能量一直上升，感觉这个反应没有过渡态。

楼上说的很有道理，换成H3O+的话，应该就能找到过渡态了。这样的反应用QST2找过渡态应该不成问题的。

附上扫描势能面的输入文件供你参考：
真空中
#p b3lyp/6-31G(d,p) opt=z-matrix nosymm

Title Card Required

1 1
H
N                  1              B1
H                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  4              B4    3              A3    2              D2
H                  5              B5    4              A4    3              D3
H                  5              B6    4              A5    3              D4

   B1             1.00000001  S  10  0.10
   B2             3.20611278
   B3             2.14826264
   B4             1.54000000
   B5             1.07000000
   B6             1.07000000
   A1           161.66026897
   A2             9.66804955
   A3            28.00778050
   A4           109.47125053
   A5           109.47121812
   D1          -180.00000000
   D2          -180.00000000
   D3           119.99998499
   D4          -120.00000125


溶剂中：
#p b3lyp/6-31G(d,p) opt=z-matrix nosymm scrf(pcm,solvent=CH3CN,read)

Title Card Required

1 1
H
N                  1              B1
H                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  4              B4    3              A3    2              D2
H                  5              B5    4              A4    3              D3
H                  5              B6    4              A5    3              D4

   B1             1.00000001  S  10  0.10
   B2             3.20611278
   B3             2.14826264
   B4             1.54000000
   B5             1.07000000
   B6             1.07000000
   A1           161.66026897
   A2             9.66804955
   A3            28.00778050
   A4           109.47125053
   A5           109.47121812
   D1          -180.00000000
   D2          -180.00000000
   D3           119.99998499
   D4          -120.00000125

radii=uff
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7楼2008-11-22 12:23:45
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