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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 边界问题
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)

[求助] 边界问题 已有3人参与

我想研究体系中边界上原子的运动情况，但是因为边界是p p p，边界的原子会受到作用穿越边界到对面，然后又可能跑到体系的中间了。

我的本意是原子就停在边界上或者在边界这个面上运动，请问怎么改呢，边界条件改成s？我改过，但是程序跑的时候显示体积变的很大，然后程序越跑越慢，压力也变了。

请各位指教~谢谢~
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1楼 2016-09-06 23:03:52
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badercao

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2楼2016-09-07 12:22:28
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by badercao at 2016-09-07 12:22:28
1. 合理的构建模型 选择系综进行计算
2. 另外问题描述不清楚没人帮得了你

多谢回复，可能我表述不清楚。
我用的nvt系综，周期性边界条件，模拟硅晶体中缺陷的运动情况。
问题就是体系边界的问题，每个轴向都有两面，我体系中原子会穿越某个轴向的一面到对应的另一面了。
我的意思是能不能把边界固定了，原子到达边界后只在边界上运动。
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3楼2016-09-07 14:39:35
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badercao

禁虫 (正式写手)
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4楼2016-09-07 15:41:57
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by badercao at 2016-09-07 15:41:57
虽然我没理解你的第三句话，但是把某个方向边界条件设为s是可以的，边界固定也是可行的。...

感谢回复~
我的意思是，比如我的体系是在xyz都在0-1的空间中（1*1*1的盒子），在x=1的界面上有原子会运动到x=0的界面上了，那么这个是因为边界条件是周期性的原因吗？
如果是因为周期边界条件，那么如果加的条件不好（例如温度过高，受力过大），体系还是会丢失原子，这个是什么原因呢？
我尝试过设置为s或者f，效果都不是很好。设为s会导致体系的体积变大，然后导致运算越来越慢。设为f则会丢失原子。
一般体系丢失原子是什么原因呢？
问题较多，不好意思~
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5楼2016-09-07 20:20:11
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badercao

禁虫 (正式写手)
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6楼2016-09-08 09:43:17
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追梦2016

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你只要将边界原子建立在一个group中，研究这个group就可以了
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只要肯学，没有学不会的
7楼2016-09-08 09:45:55
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by badercao at 2016-09-08 09:43:17
For style f, the position of the face is fixed. If an atom moves outside the face it may be lost. For style s, the position of the face is set so as to encompass the atoms in that
dimension (shrink ...

非常感谢您的回复！
我的模型是固体，研究晶体硅中掺杂原子的运动情况。
我试试看先npt再nvt
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8楼2016-09-08 15:44:46
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by 追梦2016 at 2016-09-08 09:45:55
你只要将边界原子建立在一个group中，研究这个group就可以了

感谢回复~
建立group就可以了吗？我的本意是原子到边界后不要穿越盒子然后从另一面再进来（原子到边界可以再回去，只是不希望它穿越边界）。
我研究的原子可能在group里或着外都有可能的。
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9楼2016-09-08 15:56:32
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by badercao at 2016-09-08 09:43:17
For style f, the position of the face is fixed. If an atom moves outside the face it may be lost. For style s, the position of the face is set so as to encompass the atoms in that
dimension (shrink ...

边界固定的话，如果丢失原子，是模拟本身的问题吗？
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10楼2016-09-08 15:57:13
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