应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 边界问题
181/2返回列表12下一页
查看: 1653  |  回复: 17
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

黑曼小巴

新虫 (小有名气)

[求助] 边界问题 已有3人参与

我想研究体系中边界上原子的运动情况，但是因为边界是p p p，边界的原子会受到作用穿越边界到对面，然后又可能跑到体系的中间了。

我的本意是原子就停在边界上或者在边界这个面上运动，请问怎么改呢，边界条件改成s？我改过，但是程序跑的时候显示体积变的很大，然后程序越跑越慢，压力也变了。

请各位指教~谢谢~
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-09-06 23:03:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

badercao

禁虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
2楼2016-09-07 12:22:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by badercao at 2016-09-07 12:22:28
1. 合理的构建模型 选择系综进行计算
2. 另外问题描述不清楚没人帮得了你

多谢回复，可能我表述不清楚。
我用的nvt系综，周期性边界条件，模拟硅晶体中缺陷的运动情况。
问题就是体系边界的问题，每个轴向都有两面，我体系中原子会穿越某个轴向的一面到对应的另一面了。
我的意思是能不能把边界固定了，原子到达边界后只在边界上运动。
赞一下 回复此楼
3楼2016-09-07 14:39:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

badercao

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2016-09-07 15:41:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by badercao at 2016-09-07 15:41:57
虽然我没理解你的第三句话，但是把某个方向边界条件设为s是可以的，边界固定也是可行的。...

感谢回复~
我的意思是，比如我的体系是在xyz都在0-1的空间中（1*1*1的盒子），在x=1的界面上有原子会运动到x=0的界面上了，那么这个是因为边界条件是周期性的原因吗？
如果是因为周期边界条件，那么如果加的条件不好（例如温度过高，受力过大），体系还是会丢失原子，这个是什么原因呢？
我尝试过设置为s或者f，效果都不是很好。设为s会导致体系的体积变大，然后导致运算越来越慢。设为f则会丢失原子。
一般体系丢失原子是什么原因呢？
问题较多，不好意思~
赞一下 回复此楼
5楼2016-09-07 20:20:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

badercao

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
6楼2016-09-08 09:43:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

追梦2016

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你只要将边界原子建立在一个group中，研究这个group就可以了
赞一下 回复此楼
只要肯学，没有学不会的
7楼2016-09-08 09:45:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by badercao at 2016-09-08 09:43:17
For style f, the position of the face is fixed. If an atom moves outside the face it may be lost. For style s, the position of the face is set so as to encompass the atoms in that
dimension (shrink ...

非常感谢您的回复！
我的模型是固体，研究晶体硅中掺杂原子的运动情况。
我试试看先npt再nvt
赞一下 回复此楼
8楼2016-09-08 15:44:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 追梦2016 at 2016-09-08 09:45:55
你只要将边界原子建立在一个group中，研究这个group就可以了

感谢回复~
建立group就可以了吗？我的本意是原子到边界后不要穿越盒子然后从另一面再进来（原子到边界可以再回去，只是不希望它穿越边界）。
我研究的原子可能在group里或着外都有可能的。
赞一下 回复此楼
9楼2016-09-08 15:56:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by badercao at 2016-09-08 09:43:17
For style f, the position of the face is fixed. If an atom moves outside the face it may be lost. For style s, the position of the face is set so as to encompass the atoms in that
dimension (shrink ...

边界固定的话，如果丢失原子，是模拟本身的问题吗？
赞一下 回复此楼
10楼2016-09-08 15:57:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 黑曼小巴 的主题更新
181/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +8 ziyangfang 2026-08-25 11/550 2026-09-01 09:51 by zzuzxg
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭