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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 边界问题
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
研究边界的情况当然不能用周期性边界条件了。
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11楼2016-09-08 18:45:51
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by sciencejoy at 2016-09-08 18:45:51
研究边界的情况当然不能用周期性边界条件了。

用f固定吗？这样会丢失原子怎么办？
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12楼2016-09-08 19:01:30
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追梦2016

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-09-08 15:56:32
感谢回复~
建立group就可以了吗？我的本意是原子到边界后不要穿越盒子然后从另一面再进来（原子到边界可以再回去，只是不希望它穿越边界）。
我研究的原子可能在group里或着外都有可能的。...

不清楚你研究的是什么，不过第一，将边界定义到一个group里，针对这个group进行研究可以相当于研究边界；第二，如果不让原子从边界一端穿出，从另一端进来，设置成自由边界即可。
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黑曼小巴
只要肯学，没有学不会的
13楼2016-09-08 20:46:33
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by 追梦2016 at 2016-09-08 20:46:33
不清楚你研究的是什么，不过第一，将边界定义到一个group里，针对这个group进行研究可以相当于研究边界；第二，如果不让原子从边界一端穿出，从另一端进来，设置成自由边界即可。...

设置自由边界s，在运算过程中，体系的体积会不断变大，从而导致运算越来越慢，这个是怎么回事呢？是我初始构型不好？nvt系综。
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14楼2016-09-09 09:47:17
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-09-08 13:47:17
设置自由边界s，在运算过程中，体系的体积会不断变大，从而导致运算越来越慢，这个是怎么回事呢？是我初始构型不好？nvt系综。...

原子蒸发了，所以盒子会变大；盒子变大，静电计算PME算法随体积迅速增加；如需阻止原子的自然运动，可使用适当的约束：constraint or restraint

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15楼2016-09-09 11:01:37
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by ChemiAndy at 2016-09-09 11:01:37
原子蒸发了，所以盒子会变大；盒子变大，静电计算PME算法随体积迅速增加；如需阻止原子的自然运动，可使用适当的约束：constraint or restraint
...

感谢回复~
fix wall/region约束吗？还是别的
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16楼2016-09-10 09:34:22
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-09-09 13:34:22
感谢回复~
fix wall/region约束吗？还是别的...

我对具体软件的关键词不熟，只要能满足你对模型中约束原子运动的期望就可以了。但是需要提醒，原子蒸发是你的体系在所设定的条件下原子的自然运动的结果。如果其运动与你的期望不符合，那你需要检查自己的期望是否符合物理规律。当然，分子模拟中经常使用某个约束或者边界条件来代表一些不便直接模拟的真实约束，比如磁场，背景电场、原子拉伸等等，所以，只要你能向别人解释清楚你的约束的物理起源就可以用了。

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黑曼小巴
17楼2016-09-10 12:14:47
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
17楼: Originally posted by ChemiAndy at 2016-09-10 12:14:47
我对具体软件的关键词不熟，只要能满足你对模型中约束原子运动的期望就可以了。但是需要提醒，原子蒸发是你的体系在所设定的条件下原子的自然运动的结果。如果其运动与你的期望不符合，那你需要检查自己的期望是否 ...

感谢您的回复~
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18楼2016-09-10 16:04:22
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