【答案】应助回帖

11楼: Originally posted by sciencejoy at 2016-09-08 18:45:51
研究边界的情况当然不能用周期性边界条件了。

9楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-09-08 15:56:32
感谢回复~
建立group就可以了吗？我的本意是原子到边界后不要穿越盒子然后从另一面再进来（原子到边界可以再回去，只是不希望它穿越边界）。
我研究的原子可能在group里或着外都有可能的。...

13楼: Originally posted by 追梦2016 at 2016-09-08 20:46:33
不清楚你研究的是什么，不过第一，将边界定义到一个group里，针对这个group进行研究可以相当于研究边界；第二，如果不让原子从边界一端穿出，从另一端进来，设置成自由边界即可。...

14楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-09-08 13:47:17
设置自由边界s，在运算过程中，体系的体积会不断变大，从而导致运算越来越慢，这个是怎么回事呢？是我初始构型不好？nvt系综。...

15楼: Originally posted by ChemiAndy at 2016-09-09 11:01:37
原子蒸发了，所以盒子会变大；盒子变大，静电计算PME算法随体积迅速增加；如需阻止原子的自然运动，可使用适当的约束：constraint or restraint
...

16楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-09-09 13:34:22
感谢回复~
fix wall/region约束吗？还是别的...

17楼: Originally posted by ChemiAndy at 2016-09-10 12:14:47
我对具体软件的关键词不熟，只要能满足你对模型中约束原子运动的期望就可以了。但是需要提醒，原子蒸发是你的体系在所设定的条件下原子的自然运动的结果。如果其运动与你的期望不符合，那你需要检查自己的期望是否 ...