应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条
51/1返回列表
查看: 1845  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yinqikk

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条 已有7人参与

perl的初学者，觉得很难，需要处理大量的数据，自学中，要写一个程序，我有一个序列文件，计算有多少条序列，平均长度，平均GC值，这些都比较简单。
最难得是需要找到GC含量最高的一条，并返回序列的名称。感觉需要用到hash，用while循环来比较，每比一次用GC值大的那一条序列的名称来赋值，但是从这我开始不会了，求助


最后一个真的不会了，求大神指教

如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条
序列大概长这样，很多条


如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条-1


如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条-2


如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条-3
我自己写的前几个问题的程序
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-09-06 17:26:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by yinqikk at 2016-09-07 10:56:50
谢谢
但我现在是没办法将名字和序列对应起来...

bioperl应该有对应的函数
或者说了用dict存储
赞一下 回复此楼
4楼2016-09-07 17:22:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

黑藻先生

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-09-06 22:24:17
我用Python, 但是思路应该差不多：
def GC()  #求GC比
def max() #求最大值，当然如果本身包含这个函数就不用写了
找出最大GC，调用该GC的序列，这个可以用dict存储
赞一下 回复此楼
2楼2016-09-06 22:18:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinqikk

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-09-06 22:18:30
我用Python, 但是思路应该差不多：
def GC()  #求GC比
def max() #求最大值，当然如果本身包含这个函数就不用写了
找出最大GC，调用该GC的序列，这个可以用dict存储

谢谢
但我现在是没办法将名字和序列对应起来
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2016-09-07 10:56:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ygidtu

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
perl不会帮不了你，但是我感觉用bash就能轻易实现了

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2016-09-10 12:32:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 wsYGJnURYvm6 2026-08-31 3/150 2026-09-01 01:52 by o3EMxHUAQDtS
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 wsYGJnURYvm6 2026-08-31 3/150 2026-09-01 01:40 by o3EMxHUAQDtS
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 4/200 2026-09-01 01:30 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭