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yinqikk

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何用perl读取序列文件后,找出GC最长的一条 已有7人参与

perl的初学者,觉得很难,需要处理大量的数据,自学中,要写一个程序,我有一个序列文件,计算有多少条序列,平均长度,平均GC值,这些都比较简单。
最难得是需要找到GC含量最高的一条,并返回序列的名称。感觉需要用到hash,用while循环来比较,每比一次用GC值大的那一条序列的名称来赋值,但是从这我开始不会了,求助


最后一个真的不会了,求大神指教

如何用perl读取序列文件后,找出GC最长的一条
序列大概长这样,很多条


如何用perl读取序列文件后,找出GC最长的一条-1


如何用perl读取序列文件后,找出GC最长的一条-2


如何用perl读取序列文件后,找出GC最长的一条-3
我自己写的前几个问题的程序
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黑藻先生

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by yinqikk at 2016-09-07 10:56:50
谢谢
但我现在是没办法将名字和序列对应起来...

bioperl应该有对应的函数
或者说了用dict存储
4楼2016-09-07 17:22:35
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-09-06 22:24:17
我用Python, 但是思路应该差不多:
def GC()  #求GC比
def max() #求最大值,当然如果本身包含这个函数就不用写了
找出最大GC,调用该GC的序列,这个可以用dict存储
2楼2016-09-06 22:18:30
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yinqikk

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-09-06 22:18:30
我用Python, 但是思路应该差不多:
def GC()  #求GC比
def max() #求最大值,当然如果本身包含这个函数就不用写了
找出最大GC,调用该GC的序列,这个可以用dict存储

谢谢
但我现在是没办法将名字和序列对应起来
3楼2016-09-07 10:56:50
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ygidtu

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
perl不会帮不了你,但是我感觉用bash就能轻易实现了

发自小木虫Android客户端
5楼2016-09-10 12:32:21
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