应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条
51/1返回列表
查看: 1844  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yinqikk

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条 已有7人参与

perl的初学者，觉得很难，需要处理大量的数据，自学中，要写一个程序，我有一个序列文件，计算有多少条序列，平均长度，平均GC值，这些都比较简单。
最难得是需要找到GC含量最高的一条，并返回序列的名称。感觉需要用到hash，用while循环来比较，每比一次用GC值大的那一条序列的名称来赋值，但是从这我开始不会了，求助


最后一个真的不会了，求大神指教

如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条
序列大概长这样，很多条


如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条-1


如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条-2


如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条-3
我自己写的前几个问题的程序
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-09-06 17:26:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by yinqikk at 2016-09-07 10:56:50
谢谢
但我现在是没办法将名字和序列对应起来...

bioperl应该有对应的函数
或者说了用dict存储
赞一下 回复此楼
4楼2016-09-07 17:22:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

黑藻先生

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-09-06 22:24:17
我用Python, 但是思路应该差不多：
def GC()  #求GC比
def max() #求最大值，当然如果本身包含这个函数就不用写了
找出最大GC，调用该GC的序列，这个可以用dict存储
赞一下 回复此楼
2楼2016-09-06 22:18:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinqikk

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-09-06 22:18:30
我用Python, 但是思路应该差不多：
def GC()  #求GC比
def max() #求最大值，当然如果本身包含这个函数就不用写了
找出最大GC，调用该GC的序列，这个可以用dict存储

谢谢
但我现在是没办法将名字和序列对应起来
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2016-09-07 10:56:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ygidtu

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
perl不会帮不了你，但是我感觉用bash就能轻易实现了

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2016-09-10 12:32:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 5/250 2026-08-30 20:41 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 4/200 2026-08-30 20:30 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 zICmwzsBXjbN 2026-08-29 5/250 2026-08-30 20:08 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zICmwzsBXjbN 2026-08-29 5/250 2026-08-30 20:08 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AVl0JAsg9hyo 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:57 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 18:53 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:29 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 18:20 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 18:17 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 17:56 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 17:47 by hZiFeudZyoGR
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 17:36 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +8 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 12/600 2026-08-30 17:11 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 14/700 2026-08-30 17:01 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +3 雨打竹帘 2026-08-30 4/200 2026-08-30 12:35 by 白大多亮
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-30 12:03 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭