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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条
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yinqikk

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条 已有7人参与

perl的初学者，觉得很难，需要处理大量的数据，自学中，要写一个程序，我有一个序列文件，计算有多少条序列，平均长度，平均GC值，这些都比较简单。
最难得是需要找到GC含量最高的一条，并返回序列的名称。感觉需要用到hash，用while循环来比较，每比一次用GC值大的那一条序列的名称来赋值，但是从这我开始不会了，求助


最后一个真的不会了，求大神指教

如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条
序列大概长这样，很多条


如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条-1


如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条-2


如何用perl读取序列文件后，找出GC最长的一条-3
我自己写的前几个问题的程序
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1楼 2016-09-06 17:26:25
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-09-06 22:24:17
我用Python, 但是思路应该差不多：
def GC()  #求GC比
def max() #求最大值，当然如果本身包含这个函数就不用写了
找出最大GC，调用该GC的序列，这个可以用dict存储
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2楼2016-09-06 22:18:30
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yinqikk

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-09-06 22:18:30
我用Python, 但是思路应该差不多：
def GC()  #求GC比
def max() #求最大值，当然如果本身包含这个函数就不用写了
找出最大GC，调用该GC的序列，这个可以用dict存储

谢谢
但我现在是没办法将名字和序列对应起来
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3楼2016-09-07 10:56:50
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by yinqikk at 2016-09-07 10:56:50
谢谢
但我现在是没办法将名字和序列对应起来...

bioperl应该有对应的函数
或者说了用dict存储
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4楼2016-09-07 17:22:35
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ygidtu

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
perl不会帮不了你，但是我感觉用bash就能轻易实现了

发自小木虫Android客户端
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5楼2016-09-10 12:32:21
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baichi121234
tr

发自小木虫Android客户端
6楼2016-09-10 19:18:05
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wypbusy

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
python 很简单吧… for循环即可

发自小木虫IOS客户端
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7楼2016-09-10 20:51:33
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yong5060269

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你用perl里面的Bio::SeqIO包，去百度下用法很简单。
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8楼2016-09-14 19:06:12
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hxswdl

至尊木虫 (文坛精英)

Tortoise

文献杰出贡献
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你需要一条一条的序列来处理，共三个思路：
1. 用">"来判断是否为一条序列；
2. 用$/来一条一条的读取序列；
3. 直接使用bioperl来读取每条序列对应的结果。

可以学学华大一位大牛很早写的一个处理fasta的小脚本
https://github.com/JinfengChen/S ... /align/fastaDeal.pl

祝好！
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Dripping Concentrated!!energetic and active！
9楼2016-11-17 11:33:43
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快克

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也是perl新手，可以求楼主分享一下您的序列文件吗？谢谢！
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10楼2016-12-09 22:03:09
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