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songduanlei

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】活性位点定位方法请教

在做分子对接前,如果不能确定活性位点,用什么方法可以找到可能的活性区域。
直接用对接软件blind-dock的方法找到的区域,和用其他一些软件预测的区域有些不同,请高手指教

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 14:19 ]
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
对于 活性位点的搜寻是一种专门的算法,对于此有很多软件,我用过的有InsightII/active site search,Autodock的blind dock,但是算出来的毕竟是算出来的,不一定能保证对每个蛋白都百分之百的准确,其成功率及准确率也同样取决于你的蛋白表面特征
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2008-11-18 20:29:28
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markero

金虫 (小有名气)


mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢您的帮助
可以试试本人开发的两个websever, 一个是蛋白小分子的结合位点的预测,一个是蛋白-蛋白相互作用位点。
http://scoppi.biotec.tu-dresden.de/pocket
http://scoppi.biotec.tu-dresden.de/metappi
3楼2009-01-04 05:06:12
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