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ilovecats木虫 (正式写手)
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pathway上未被本次测序注释到的酶，产物是否存在于样品中 已有1人参与
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各位专家好，我有个样品做了KEGG pathway分析（如图），红框表示能被本次测序的基因注释到的酶或RNA调节子。蓝框表示虽然存在于KEGG分类体系中，但未被本次测序注释到。图中是tryptophan metabolism的pathway. 请问： 1.图左上角的4,6-dihydroxy-quinoline是否会在我的样品中生成？因为生成途径中的3.5.1.9、1.13.11.52等酶都是蓝色的（本次测序未注释到），但末端的4.1.1.28和1.4.3.4都是红色的（说明本样品能注释到）。 2.图正上方的5-hydroxy-indolepyruvate是否会在我的样品中生成？生成途径中的酶全是蓝色的（本次测序未注释到）。 谢谢各位~  pathway.png |
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ilovecats
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5楼2016-08-25 19:15:02
【答案】应助回帖
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Kegg给出的Pathway一般都是reference pathway，也就是说一个大体的草稿，能让你把基本骨架建立起来 但是这并不代表每一个样本就是这种，要根据自己的情况进行修改调整（比如标准菌是A种情况，可能其他亚种就会有A'情况，多一条少一条通路都有可能，更不用说酶了） 有可能里面没有点亮的在你的实验数据里有，就需要点亮 有可能里面点亮的你的样本数据没有，这个就有多种情况的谨慎考虑和处理 这玩意，看似简单，其实非常麻烦。 |
2楼2016-08-24 16:10:49
ilovecats
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3楼2016-08-25 03:45:34
4楼2016-08-25 17:40:07
