【答案】应助回帖

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1楼2016-08-21 18:37:56

黑藻先生

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
ilovecats: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-08-25 03:45:54
ilovecats: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-08-25 19:15:59

Kegg给出的Pathway一般都是reference pathway，也就是说一个大体的草稿，能让你把基本骨架建立起来
但是这并不代表每一个样本就是这种，要根据自己的情况进行修改调整（比如标准菌是A种情况，可能其他亚种就会有A'情况，多一条少一条通路都有可能，更不用说酶了）
有可能里面没有点亮的在你的实验数据里有，就需要点亮
有可能里面点亮的你的样本数据没有，这个就有多种情况的谨慎考虑和处理

这玩意，看似简单，其实非常麻烦。

2楼2016-08-24 16:10:49

ilovecats

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-08-24 16:10:49
Kegg给出的Pathway一般都是reference pathway，也就是说一个大体的草稿，能让你把基本骨架建立起来
但是这并不代表每一个样本就是这种，要根据自己的情况进行修改调整（比如标准菌是A种情况，可能其他亚种就会有A' ...

谢谢，里面红色的框说是样品里能测到，那我就保留红框所在的路径，是吗？谢谢您

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3楼2016-08-25 03:45:34

黑藻先生

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3楼: Originally posted by ilovecats at 2016-08-25 03:45:34
谢谢，里面红色的框说是样品里能测到，那我就保留红框所在的路径，是吗？谢谢您
...

能测到说明一定有
没有测到的，不能说一定没有_(:зゝ∠)_#就是这么纠结#

你看一下你找的这个reference跟你样品的亲缘关系怎样，如果到亚种了关系很近的话就是图上点亮的（蓝紫的）+你测到的（红的）#即使这样后期还有问题还要调整##就是很麻烦#

4楼2016-08-25 17:40:07

ilovecats

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4楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-08-25 17:40:07
能测到说明一定有
没有测到的，不能说一定没有_(:зゝ∠)_#就是这么纠结#

你看一下你找的这个reference跟你样品的亲缘关系怎样，如果到亚种了关系很近的话就是图上点亮的（蓝紫的）+你测到的（红的）#即使这样 ...

好的，非常感谢您……

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5楼2016-08-25 19:15:02