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jiayoulongnv新虫 (著名写手)
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Error: Overlap matrix is not positive definite.怎么破？
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Dmol3计算氧气分子在金属氧化物表面的结构优化计算中出错信息如下，是什么原因？怎么破？ Error: Overlap matrix is not positive definite. This most likely means the basis set contains linear dependencies. Consider increasing the atomic cutoff parameter or changing the basis set. 给出的建议中提到的atomic cutoff parameter是在哪里设置的？ |
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2楼2016-08-15 14:57:32
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3楼2016-08-15 15:05:26
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6楼2016-08-17 11:22:08
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7楼2016-08-17 12:54:01
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好的，你帮我看看 。另外，我想根据outmol文件里的能量信息来计算吸附能，应该是最终总能量和初始总能量做差，对吧？但是问题是，outmol文件中，最初总能量和最终总能量，怎么找到呢？ |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : SnO2_(1_1_0)_(O2_on_reduction_surface)_(2).outmol
- 附件 2 : SnO2_(1_1_0)_(O2_on_reduction_surface)_(2).xsd
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8楼2016-08-17 17:01:26
jiayoulongnv
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9楼2016-08-17 17:04:39
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问题比较多，我列在下面： 1、我不知道你的体系O2你现在的参数优化完是否O2在表面是非解离的状态，如果是的话，体系很有可能是三重态的，或者说磁矩为2，吸附的两个O上应当各自给一个单电子，这个在modify->electonic configuration中设置，我想这个可能是个主要的因素； 2、真空层不够高，DMol3的计算真空层对计算量贡献不大（与平面波完全不同），所以不要太吝啬； 3、体系使用的smearing有点大，一般0.003以下才可能有好的结果，得控制outmol中-kTeS，要足够小； 4、有条件的话Mulitipolar Expansion用Hex吧； 5、吸附能定义为E_ad=E_AB-E_A-EB。能量在total energy里面看，看最后一个。吸附能一般用更正或者更负来形容，严格来说，吸附能没啥确切的意义，得看吸附自由能，仅当熵变贡献不大的时候和吸附自由能才接近，或者，两个吸附体系进行比较的时候熵变贡献接近，仅仅比较能量才有点意义。 |
10楼2016-08-17 20:34:37