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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Error: Overlap matrix is not positive definite.怎么破？
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jiayoulongnv

新虫 (著名写手)

[求助] Error: Overlap matrix is not positive definite.怎么破？

Dmol3计算氧气分子在金属氧化物表面的结构优化计算中出错信息如下，是什么原因？怎么破？

Error: Overlap matrix is not positive definite.
This most likely means the basis set contains linear dependencies.
Consider increasing the atomic cutoff parameter or changing the basis set.

给出的建议中提到的atomic cutoff parameter是在哪里设置的？
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1楼 2016-08-15 12:14:32
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-15 16:17:33
蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2016-08-15 21:32:33
jiayoulongnv: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，下次遇到问题再来请教。 2016-08-17 11:25:19
这个就是轨道截断太小导致的。一般DNP级别的基组还不足以产生线性依赖，把Orbital cutoff适当放大就好了。
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2楼2016-08-15 14:57:32
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jiayoulongnv

新虫 (著名写手)
嗯嗯，基组DNP不用改，只把cutoff调大就行了吗？精度fine时，cutoff是4.9，迭代11次之后出现上述错误并终止，我在4.6

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-08-15 15:05:26
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jiayoulongnv

新虫 (著名写手)
我在4.9埃的基础上再调大？

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4楼2016-08-15 15:06:47
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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3楼: Originally posted by jiayoulongnv at 2016-08-15 15:05:26
嗯嗯，基组DNP不用改，只把cutoff调大就行了吗？精度fine时，cutoff是4.9，迭代11次之后出现上述错误并终止，我在4.6

一般来说默认是fine应该不大会出现这样的问题，你不妨把计算参数和结构都发来看看。
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5楼2016-08-15 22:47:47
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jiayoulongnv

新虫 (著名写手)
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5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-08-15 22:47:47
一般来说默认是fine应该不大会出现这样的问题，你不妨把计算参数和结构都发来看看。...

我把结构稍微细调了一下，并且把cutoff调为5.1埃，迭代了63次后，于今天早上收敛成功，当然，计算结果我还没有具体分析。我感觉MS的错误提示以及修改建议，还是有非常强的针对性的。谢谢你，在网上看到了你的很多热心回答，下次遇到问题再来请教你。承诺的金币，怎么送给你？
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6楼2016-08-17 11:22:08
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiayoulongnv at 2016-08-17 11:22:08
我把结构稍微细调了一下，并且把cutoff调为5.1埃，迭代了63次后，于今天早上收敛成功，当然，计算结果我还没有具体分析。我感觉MS的错误提示以及修改建议，还是有非常强的针对性的。谢谢你，在网上看到了你的很多热 ...

这个也只是保证了收敛而已，也许只是巧合，我觉得你还是把计算的模型和outmol都发来看下比较稳妥。
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7楼2016-08-17 12:54:01
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jiayoulongnv

新虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-08-17 12:54:01
这个也只是保证了收敛而已，也许只是巧合，我觉得你还是把计算的模型和outmol都发来看下比较稳妥。...

好的，你帮我看看 。另外，我想根据outmol文件里的能量信息来计算吸附能，应该是最终总能量和初始总能量做差，对吧？但是问题是，outmol文件中，最初总能量和最终总能量，怎么找到呢？
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8楼2016-08-17 17:01:26
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jiayoulongnv

新虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-08-17 12:54:01
这个也只是保证了收敛而已，也许只是巧合，我觉得你还是把计算的模型和outmol都发来看下比较稳妥。...

另外，吸附能是有正负之分的，是吧？对于负的吸附能，怎么比较大小呢？比如，-5eV的吸附能和-2eV的吸附能，谁大谁小呢？
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9楼2016-08-17 17:04:39
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
9楼: Originally posted by jiayoulongnv at 2016-08-17 17:04:39
另外，吸附能是有正负之分的，是吧？对于负的吸附能，怎么比较大小呢？比如，-5eV的吸附能和-2eV的吸附能，谁大谁小呢？...

问题比较多，我列在下面：
1、我不知道你的体系O2你现在的参数优化完是否O2在表面是非解离的状态，如果是的话，体系很有可能是三重态的，或者说磁矩为2，吸附的两个O上应当各自给一个单电子，这个在modify->electonic configuration中设置，我想这个可能是个主要的因素；
2、真空层不够高，DMol3的计算真空层对计算量贡献不大（与平面波完全不同），所以不要太吝啬；
3、体系使用的smearing有点大，一般0.003以下才可能有好的结果，得控制outmol中-kTeS，要足够小；
4、有条件的话Mulitipolar Expansion用Hex吧；
5、吸附能定义为E_ad=E_AB-E_A-EB。能量在total energy里面看，看最后一个。吸附能一般用更正或者更负来形容，严格来说，吸附能没啥确切的意义，得看吸附自由能，仅当熵变贡献不大的时候和吸附自由能才接近，或者，两个吸附体系进行比较的时候熵变贡献接近，仅仅比较能量才有点意义。
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10楼2016-08-17 20:34:37
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