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maosan520

铜虫 (初入文坛)

[交流] pcr p不出来啊

遇到一个很令我头疼的问题,不知道有无相同经历的虫友,还请有经验的大侠指教啊!

问题如下:质粒做模板扩基因的全长
         
          有三对引物:引物A, 只加了一个酶切位点  HindIII+20bp  
                                 引物B,NotI+20bp
                                           speI+20bp

                                引物C,kpnI+20bp
                                         AvrII+20bp

其中正向引物和反向引物的20bp都是相同的,结果是只有引物B能扩出来,而且扩的很好,用引物A和C都扩不出来(模板相同)。后来我拿引物B扩的pcr产物做模板也扩不出来。退火温度做过梯度,三步法,两步法都试过。都不行。大侠指教啊,急切想解决这个问题.先谢谢大家了

[ Last edited by 350784478 on 2009-11-8 at 15:16 ]
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菜鸟一只
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chysx6

铁杆木虫 (小有名气)

楼主最好还是把模板序列和各引物序列拿出来让大家帮着分析
这么凭空说恐怕很难找到原因

个人怀疑是酶切位点序列本身与引物内部形成二级结构或与模板发生某些作用,不提供序列,没法确定
2楼2008-11-16 03:03:10
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