| 查看: 4956 | 回复: 109 | ||||
[交流]
用GPUMD计算的石墨烯拉伸曲线
|
||||
|
最近在写程序，交流一下测试结果。我的目标是写一个在某些方面比lammp好用的小巧的程序。我的程序叫GPUMD，意思是graphics processing units molecular dynamics。主要特点是用GPU加速多体势，但所有的功能也有纯CPU版本。 经常看到有人讨论怎么计算stress-strain曲线。今天我用自己的程序算了一下石墨烯的拉伸曲线，感觉结果对势模型依赖比较大。文献中一般都是用AIREBO势做这个事情，但我的程序现在只有Tersoff势。不改变参数时算出的 fracture strain非常大。改了两个势参数（将Tersoff势中的两个半径参数都增加 0.2 Angstrom）之后结果好一些了。这个改变不影响杨氏模量Y的值。我计算出来的值很接近Y=1TPa。 先贴一下我的程序做这个事情的脚本(初始坐标以及相关的信息要从另一个文件读入）。看上去是不是比lammps简单？ ========================================================================= # This input computes the stress-strain relation for a pristine graphene sample potential potentials/graphene_2.tersoff # file name which contain the potential parameters velocity 300.0 # 300 K # equilibration: ensemble npt_ber 300 0.005 0.0 0.0 0.0 0.0005 # NPT (Berendsen method) time_step 1.0 # 1 fs run 10000 # 10 ps # compute the stress-strain relation: ensemble npt_ber 300 0.005 0.0 0.0 0.0 0.0005 # NPT (Berendsen method) compute_stress_strain 0.0005 1 # strain rate = 0.0005 A/fs; along the zigzag direction dump_thermo 1 # dump results every time step run 25000 # 25 ps ========================================================================= 体系大小为960个原子，模拟总时间为35ps，用我的程序的串行CPU版本耗时38秒。我感觉比lammps的串行版本快两三倍。 再说说我的算法。我要计算x方向（选为zigzag方向）的stress-strain曲线。在x,y方向都用周期边界条件，并采用NPT系综，控制温度在300开附近，y方向的压强为零附近。x方向的盒子长度则以0.0005 A/fs的速率增大（单轴拉伸）。我的体系大概是5nm x 5nm的大小。拉伸25ps相当于将盒子拉长1.25 nm，得到的最大形变为1.25/5=25%。这个时候石墨烯已经被拉断了。结果见下图：  untitled.png |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 GPUMD学习 |
» 猜你喜欢
考博
已经有6人回复
-
26年博士申请自荐-电催化
已经有4人回复
-
国自科送审了吗
已经有4人回复
-
药学硕士，第一、第二作者已发表6 篇 SCI，药理方向及相关方向2026年/2027年博士申请
已经有6人回复
-
一篇MDPI论文改变了学习工作和生活
已经有5人回复
-
收到国自然专家邀请后几年才会有本子送过来评
已经有4人回复
-
26年申博自荐-计算机视觉
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
湖北人在北京
+1/258
-
香港城市大学 数据科学系+能源与环境学院 李堂华 课题组诚招全奖博士/博士后/研究助理
+3/219
-
湖南大学化工院招收2026年入学博士
+1/186
-
上海嘉定周边俩小时车程
+5/180
-
工科男，工作稳定，希望能遇到有趣的她
+1/173
-
2026年江西师范大学药学院陈芬儿院士课题组招收智能药学博士生
+2/118
-
中科大 冯伟 课题组招生-机器人界面控制、电学机械界面设计
+1/84
-
在广东佛山，等一个她
+1/82
-
温州医科大学吴平课题组招聘博士后，年薪≥50W/年
+1/80
-
2026年江西师范大学流动化学与工程研究院陈芬儿院士团队化学博士招生
+3/77
-
华南理工大学环境与能源学院液流电池博士招生
+1/59
-
google ai pro 会员/gemini分享
+1/34
-
诚征女友，坐标西安
+1/27
-
坐标南京
+1/21
-
香港理工大学汪志勋课题组招收2026年9月入学全奖博士生一名
+1/12
-
南京林业大学-国家级青年人才团队 招2026级博士 （合成化学）
+1/11
-
科研服务：病毒包装、细胞系构建、蛋白表达、基因编辑
+1/4
-
上海交通大学复合材料研究所诚聘科研助理
+1/4
-
招收2026年秋季入学博士生1名（河北工业大学/北京科技大学联合 增材制造/生物材料）
+1/4
-
2026年宁夏大学材料与新能源学院王海龙教授团队博士招生
+1/2
2楼2016-08-12 06:05:44
12楼2016-08-12 07:59:09
21楼2016-08-12 08:36:30
30楼2016-08-12 09:12:33
简单回复
2016-08-12 06:27
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
2016-08-12 06:45
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
2016-08-12 07:04
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
hydzp6楼
2016-08-12 07:32
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
a
tzynew7楼
2016-08-12 07:38
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
leic8楼
2016-08-12 07:40
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
天涯20129楼
2016-08-12 07:54
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
alaqi10楼
2016-08-12 07:56
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
超级老快11楼
2016-08-12 07:57
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
miaojiabing13楼
2016-08-12 07:59
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
laom201314楼
2016-08-12 08:00
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
jiechen15楼
2016-08-12 08:01
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
祝福
sunyanwei16楼
2016-08-12 08:11
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
张屠户17楼
2016-08-12 08:15
回复
zhchzhsh207618楼
2016-08-12 08:24
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福
bj200898919楼
2016-08-12 08:31
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
李慧玲20楼
2016-08-12 08:36
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
纳米材料75322楼
2016-08-12 08:44
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
youngen23楼
2016-08-12 08:48
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
落花剑雨24楼
2016-08-12 08:49
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
灵之红蝶25楼
2016-08-12 08:51
回复
灵之红蝶26楼
2016-08-12 08:51
回复
caledonian27楼
2016-08-12 09:00
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
star_zhang28楼
2016-08-12 09:09
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
祝福
springburn29楼
2016-08-12 09:12
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
tornado13331楼
2016-08-12 09:12
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
gengxin6032楼
2016-08-12 09:14
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
jyjydd33楼
2016-08-12 09:18
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
雪藏剑34楼
2016-08-12 09:19
回复
粲然一笑7935楼
2016-08-12 09:21
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
343536楼
2016-08-12 09:26
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
lvluohua37楼
2016-08-12 09:28
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
悠悠梅梅38楼
2016-08-12 09:29
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
dctx060839楼
2016-08-12 09:30
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
sz_kebaoyuan40楼
2016-08-12 09:33
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
各种爆41楼
2016-08-12 09:37
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
hol 发自小木虫IOS客户端
yanyuxiaoxi42楼
2016-08-12 09:41
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
。 发自小木虫Android客户端
wtbccq50543楼
2016-08-12 09:56
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
朝都44楼
2016-08-12 10:03
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
好 发自小木虫Android客户端
pingyanwe45楼
2016-08-12 10:14
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
假大空46楼
2016-08-12 10:18
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
顶
baiyang31347楼
2016-08-12 10:21
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
liucheng88348楼
2016-08-12 10:34
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
yuzhichao49楼
2016-08-12 10:36
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与
祝福
tan91450楼
2016-08-12 10:45
回复
brucefan(金币+1): 谢谢参与