应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 用GPUMD计算的石墨烯拉伸曲线
1101/3返回列表123下一页
查看: 4957  |  回复: 109
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

brucefan

专家顾问 (著名写手)

[交流] 用GPUMD计算的石墨烯拉伸曲线

最近在写程序，交流一下测试结果。我的目标是写一个在某些方面比lammp好用的小巧的程序。我的程序叫GPUMD，意思是graphics processing units molecular dynamics。主要特点是用GPU加速多体势，但所有的功能也有纯CPU版本。

经常看到有人讨论怎么计算stress-strain曲线。今天我用自己的程序算了一下石墨烯的拉伸曲线，感觉结果对势模型依赖比较大。文献中一般都是用AIREBO势做这个事情，但我的程序现在只有Tersoff势。不改变参数时算出的 fracture strain非常大。改了两个势参数（将Tersoff势中的两个半径参数都增加 0.2 Angstrom）之后结果好一些了。这个改变不影响杨氏模量Y的值。我计算出来的值很接近Y=1TPa。

先贴一下我的程序做这个事情的脚本(初始坐标以及相关的信息要从另一个文件读入）。看上去是不是比lammps简单？
=========================================================================
# This input computes the stress-strain relation for a pristine graphene sample
potential               potentials/graphene_2.tersoff # file name which contain the potential parameters
velocity                 300.0 # 300 K
# equilibration:
ensemble              npt_ber 300 0.005 0.0 0.0 0.0 0.0005 # NPT (Berendsen method)
time_step             1.0      # 1 fs
run                      10000  # 10 ps
# compute the stress-strain relation:
ensemble                   npt_ber 300 0.005 0.0 0.0 0.0 0.0005 # NPT (Berendsen method)
compute_stress_strain 0.0005 1   # strain rate = 0.0005 A/fs; along the zigzag direction
dump_thermo             1       # dump results every time step
run                           25000 # 25 ps
=========================================================================
体系大小为960个原子，模拟总时间为35ps，用我的程序的串行CPU版本耗时38秒。我感觉比lammps的串行版本快两三倍。

再说说我的算法。我要计算x方向（选为zigzag方向）的stress-strain曲线。在x,y方向都用周期边界条件，并采用NPT系综，控制温度在300开附近，y方向的压强为零附近。x方向的盒子长度则以0.0005 A/fs的速率增大（单轴拉伸）。我的体系大概是5nm x 5nm的大小。拉伸25ps相当于将盒子拉长1.25 nm，得到的最大形变为1.25/5=25%。这个时候石墨烯已经被拉断了。结果见下图：

用GPUMD计算的石墨烯拉伸曲线
untitled.png
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

GPUMD学习

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2016-08-12 06:00:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)
图的横坐标单位有错误：strian后面的(%)是多余的。
赞一下 回复此楼
2楼2016-08-12 06:05:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)
★
brucefan(金币+1): 谢谢参与
厉害！也是在linux下运行的吗？
赞一下 回复此楼
12楼2016-08-12 07:59:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tableman

木虫之王 (文学泰斗)
★
brucefan(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主了。
回复此楼
21楼2016-08-12 08:36:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一次性保温杯

金虫 (小有名气)
★
brucefan(金币+1): 谢谢参与
厉害呀，GPU加速

发自小木虫IOS客户端
回复此楼
30楼2016-08-12 09:12:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
shipengju103楼
2016-08-12 06:27   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
shenrenren4楼
2016-08-12 06:45   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
aboluo1983315楼
2016-08-12 07:04   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
hydzp6楼
2016-08-12 07:32   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
a
tzynew7楼
2016-08-12 07:38   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
leic8楼
2016-08-12 07:40   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
天涯20129楼
2016-08-12 07:54   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
alaqi10楼
2016-08-12 07:56   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
超级老快11楼
2016-08-12 07:57   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
miaojiabing13楼
2016-08-12 07:59   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
laom201314楼
2016-08-12 08:00   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
jiechen15楼
2016-08-12 08:01   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
祝福
sunyanwei16楼
2016-08-12 08:11   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
张屠户17楼
2016-08-12 08:15   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
zhchzhsh207618楼
2016-08-12 08:24   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福
bj200898919楼
2016-08-12 08:31   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
李慧玲20楼
2016-08-12 08:36   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
纳米材料75322楼
2016-08-12 08:44   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
youngen23楼
2016-08-12 08:48   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
落花剑雨24楼
2016-08-12 08:49   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
灵之红蝶25楼
2016-08-12 08:51   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
灵之红蝶26楼
2016-08-12 08:51   回复  
caledonian27楼
2016-08-12 09:00   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
star_zhang28楼
2016-08-12 09:09   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
祝福
springburn29楼
2016-08-12 09:12   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
tornado13331楼
2016-08-12 09:12   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
gengxin6032楼
2016-08-12 09:14   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
jyjydd33楼
2016-08-12 09:18   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
雪藏剑34楼
2016-08-12 09:19   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫IOS客户端
粲然一笑7935楼
2016-08-12 09:21   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
343536楼
2016-08-12 09:26   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
lvluohua37楼
2016-08-12 09:28   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
悠悠梅梅38楼
2016-08-12 09:29   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
dctx060839楼
2016-08-12 09:30   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
sz_kebaoyuan40楼
2016-08-12 09:33   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
各种爆41楼
2016-08-12 09:37   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
hol 发自小木虫IOS客户端
yanyuxiaoxi42楼
2016-08-12 09:41   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
。 发自小木虫Android客户端
wtbccq50543楼
2016-08-12 09:56   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
朝都44楼
2016-08-12 10:03   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
好 发自小木虫Android客户端
pingyanwe45楼
2016-08-12 10:14   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
假大空46楼
2016-08-12 10:18   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
顶
baiyang31347楼
2016-08-12 10:21   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
liucheng88348楼
2016-08-12 10:34   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
yuzhichao49楼
2016-08-12 10:36   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
祝福
tan91450楼
2016-08-12 10:45   回复  
brucefan(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 brucefan 的主题更新
1101/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭