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Alpha s新虫 (小有名气)
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用MPICH3.2, BLACS,LAPACK.SCALAPACK安装siesta已有1人参与
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我用MPICH3.2, BLACS,LAPACK.SCALAPACK这几个数学库来安装siesta，能够顺利的编译过，但是在运行的时候会报错。比如是在用范德瓦尔斯势来计算单个原子的时候就会报错，MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 1. NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. You may or may not see output from other processes, depending on exactly when Open MPI kills them. 这整个编译过程中都没有报错，我发现我改用openmpi的时候，也是一样的报错。请问高手如何解决呢。 |
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guohuazhong
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Alpha s: 金币+50, ★★★很有帮助 2016-08-15 10:06:50
蛋蛋小童鞋: 金币+2, 谢谢参与，鼓励积极回答问题者 2016-08-15 10:15:56
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不太清楚你的计算机上的编译环境，比如用的是什么版本的fortran编译器，并行环境等等，arch.make看不出什么问题来，另外，你可以在终端中使用 gedit ~/.bashrc打开.bashrc文件，在文件中加入 ulimit -c unlimited以及ulimit -s umlimited 试试 下面是我的arch.make,你可以参考一下，重点是你要修改库文件以适合你自己电脑上的所安装的库 # # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996- . # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--unknown FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS=-g -O2 FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= BLAS_LIBS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core LAPACK_LIBS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core BLACS_LIBS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 #-pthread SCALAPACK_LIBS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 #-pthread COMP_LIBS=dc_lapack.a NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/opt/openmpi-1.10.1/include #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< |
12楼2016-08-14 11:52:37
Alpha s
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2楼2016-08-11 10:29:23
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3楼2016-08-11 15:04:14
guohuazhong
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感谢参与，应助指数 +1
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-12 15:28:14
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在生成的arch.make文件中新加入 DUMMY_FOX= --enable-dummy FFLAGS_DEBUG= -g -O2 而后在Obj文件夹中的makefile文件，将这几行写成如下形式 (FoXconfigured)  cdFoX;toucharch.make; CONFIGURE="(FoXconfigured)cdFoX;toucharch.make; CONFIGURE="(VPATH)/FoX/configure"; \$$CONFIGURE VPATH="$(VPATH)/FoX" \ FC="$(FC_SERIAL)" FCFLAGS="$(FFLAGS_DEBUG)" \ --enable-wcml $(DUMMY_FOX) || false ) 注意(cd FoX; touch arch.make ; \这一行前是一个Tab空格，而不是一个space空格 将这两个地方修改好后， make clen make |
5楼2016-08-12 15:17:26