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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 候博士vasp经验小结里提供的脚本
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vigaryang

木虫 (正式写手)

[求助] 候博士vasp经验小结里提供的脚本 已有3人参与

候博士vasp经验小结里提供了用于确定k点收敛性的脚本：
候博士vasp经验小结里提供的脚本

请问，在上述脚本中，为什么要加上rm WAVECAR这一行呢？

另外，由于我的服务器是以bsub vasp.lsf的方式提交vasp作业，因此似乎无法直接使用上述脚本进行计算。那么，该怎样对上述脚本进行修改，使之能适用于bsub方式的作业提交呢？谢谢！
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1楼 2016-08-10 20:31:24
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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蛋蛋小童鞋: 金币+1, 谢谢参与 2016-08-10 21:02:28
vigaryang: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-08-15 14:16:51
rm WAVECAR， 删掉WAVECAR， 计算的时候不读取WAVECAR
不能用脚本的话，就会拆开来算呀。
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http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
2楼2016-08-10 20:54:14
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2016-08-10 20:54:14
rm WAVECAR， 删掉WAVECAR， 计算的时候不读取WAVECAR
不能用脚本的话，就会拆开来算呀。

我的疑惑是，为什么一定要删掉WAVECAR呢
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3楼2016-08-10 23:28:35
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人
引用回帖:
3楼: Originally posted by vigaryang at 2016-08-10 23:28:35
我的疑惑是，为什么一定要删掉WAVECAR呢...

有时计算图方便，会把ISTART这一项注释掉或不写，这样当有WAVECAR时会ISTART=1自动读取波函数，没有WAVECAR就ISTART=0开始计算. 我计算时就经常注释掉很多信息，也写进很多参数。纯属个人习惯，或者称之为强迫症。
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4楼2016-08-10 23:35:39
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

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5楼: Originally posted by vigaryang at 2016-08-10 23:43:41
这样说来，如果在INCAR中写上了ISTART=0，那么就可以在上述脚本中去掉rm WAVECAR这一行啦？...

可以如此操作，防止上一步生成的WAVCAR影响下一步的计算，所以需要删掉。可以将该脚本放到bsub脚本中批量计算。但是每个机器不一样，具体参考之前bsub后的脚本，来改下
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6楼2016-08-10 23:53:36
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g_wcai

木虫 (正式写手)

开心

【答案】应助回帖

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vigaryang: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-08-15 14:17:26
把time vasp改为time bsub vasp.lsf 试试
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哈哈，笑口常开！
7楼2016-08-11 09:08:12
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人
引用回帖:
9楼: Originally posted by obaica at 2016-08-11 19:18:18
飘雪老师也有强迫症~~~...

是的，每次使用vasp优化完结构后，我只会保留CONTCAR  INCAR  KPOINTS  OUTCAR  POTCAR 这几个文件，已经深入骨髓无药可救。
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10楼2016-08-11 20:24:02
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普通回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2016-08-10 23:35:39
有时计算图方便，会把ISTART这一项注释掉或不写，这样当有WAVECAR时会ISTART=1自动读取波函数，没有WAVECAR就ISTART=0开始计算. 我计算时就经常注释掉很多信息，也写进很多参数。纯属个人习惯，或者称之为强迫症。...

这样说来，如果在INCAR中写上了ISTART=0，那么就可以在上述脚本中去掉rm WAVECAR这一行啦？
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5楼2016-08-10 23:43:41
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by g_wcai at 2016-08-11 09:08:12
把time vasp改为time bsub vasp.lsf 试试

按照您的建议进行了修改，确实能计算了，但出现两个问题。第一，输入source run_k后，服务器上同时新增了6个任务，似乎是同时对每个i的取值都开始了计算，而不是依次计算；第二，所有任务运行结束后，打开comments文件，发现只有i的取值记录，E和KP的计算结果都没有出现，如下图：
候博士vasp经验小结里提供的脚本-1

请问该如何修改？谢谢！
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8楼2016-08-11 14:56:35
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obaica

禁言 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
9楼2016-08-11 19:18:18
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