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vigaryang

木虫 (正式写手)

[求助] 候博士vasp经验小结里提供的脚本 已有3人参与

候博士vasp经验小结里提供了用于确定k点收敛性的脚本:
候博士vasp经验小结里提供的脚本

请问,在上述脚本中,为什么要加上rm WAVECAR这一行呢?

另外,由于我的服务器是以bsub vasp.lsf的方式提交vasp作业,因此似乎无法直接使用上述脚本进行计算。那么,该怎样对上述脚本进行修改,使之能适用于bsub方式的作业提交呢?谢谢!
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事,踏实做人

【答案】应助回帖

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蛋蛋小童鞋: 金币+1, 谢谢参与 2016-08-10 21:02:28
vigaryang: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-08-15 14:16:51
rm WAVECAR, 删掉WAVECAR, 计算的时候不读取WAVECAR
不能用脚本的话,就会拆开来算呀。
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
2楼2016-08-10 20:54:14
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vigaryang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2016-08-10 20:54:14
rm WAVECAR, 删掉WAVECAR, 计算的时候不读取WAVECAR
不能用脚本的话,就会拆开来算呀。

我的疑惑是,为什么一定要删掉WAVECAR呢
3楼2016-08-10 23:28:35
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事,踏实做人

引用回帖:
3楼: Originally posted by vigaryang at 2016-08-10 23:28:35
我的疑惑是,为什么一定要删掉WAVECAR呢...

有时计算图方便,会把ISTART这一项注释掉或不写,这样当有WAVECAR时会ISTART=1自动读取波函数,没有WAVECAR就ISTART=0开始计算. 我计算时就经常注释掉很多信息,也写进很多参数。纯属个人习惯,或者称之为强迫症。
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
4楼2016-08-10 23:35:39
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫


【答案】应助回帖

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5楼: Originally posted by vigaryang at 2016-08-10 23:43:41
这样说来,如果在INCAR中写上了ISTART=0,那么就可以在上述脚本中去掉rm WAVECAR这一行啦?...

可以如此操作,防止上一步生成的WAVCAR影响下一步的计算,所以需要删掉。可以将该脚本放到bsub脚本中批量计算。但是每个机器不一样,具体参考之前bsub后的脚本,来改下
6楼2016-08-10 23:53:36
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g_wcai

木虫 (正式写手)

开心

【答案】应助回帖

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vigaryang: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-08-15 14:17:26
把time vasp改为time bsub vasp.lsf 试试
哈哈,笑口常开!
7楼2016-08-11 09:08:12
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事,踏实做人

引用回帖:
9楼: Originally posted by obaica at 2016-08-11 19:18:18
飘雪老师也有强迫症~~~...

是的,每次使用vasp优化完结构后,我只会保留CONTCAR  INCAR  KPOINTS  OUTCAR  POTCAR 这几个文件,已经深入骨髓无药可救。
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
10楼2016-08-11 20:24:02
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普通回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2016-08-10 23:35:39
有时计算图方便,会把ISTART这一项注释掉或不写,这样当有WAVECAR时会ISTART=1自动读取波函数,没有WAVECAR就ISTART=0开始计算. 我计算时就经常注释掉很多信息,也写进很多参数。纯属个人习惯,或者称之为强迫症。...

这样说来,如果在INCAR中写上了ISTART=0,那么就可以在上述脚本中去掉rm WAVECAR这一行啦?
5楼2016-08-10 23:43:41
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vigaryang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by g_wcai at 2016-08-11 09:08:12
把time vasp改为time bsub vasp.lsf 试试

按照您的建议进行了修改,确实能计算了,但出现两个问题。第一,输入source run_k后,服务器上同时新增了6个任务,似乎是同时对每个i的取值都开始了计算,而不是依次计算;第二,所有任务运行结束后,打开comments文件,发现只有i的取值记录,E和KP的计算结果都没有出现,如下图:
候博士vasp经验小结里提供的脚本-1

请问该如何修改?谢谢!
8楼2016-08-11 14:56:35
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obaica

禁言 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

9楼2016-08-11 19:18:18
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