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Jldbaobei

木虫 (著名写手)

按时毕业找到好工作

[交流] 【求助】对过渡态进行IRC计算，当计算到有中间体时Guassian还会继续吗

对得到的一个过渡态进行IRC计算，maxpoints=50，向最终产物的一端反应的50步已计算出来，但向负方向计算时，计算了二十步左右后使用GView观察时总是停留在同一个分子结构，但是.out文件仍在不停增大，Guassian也在不停的计算，可是为什么观察到的分子结构没有任何变化呢？这是不是意味这此时的结构可能是中间体呢

[ Last edited by lei0736 on 2008-11-29 at 11:03 ]
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1楼 2008-11-14 20:00:30
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Jldbaobei

木虫 (著名写手)

按时毕业找到好工作
后来Gussian不知出现什么错误，直接死掉了，程序自动关闭了
结果中出现
! Non-Optimized Parameters !
                       ! (Angstroms and Degrees)  !
不过对所计算的73步也进行了能量和坐标的输出
Summary of reaction path following:
                 (Int. Coord:  Angstroms, and Degrees)
这是为什么
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2楼2008-11-14 20:10:48
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Jldbaobei

木虫 (著名写手)

按时毕业找到好工作
经计算，在Guassian停止处的结构确实是一中间体，是不是guassian在IRC计算时遇到中间体便会对结构不停的进行优化，最终停止？
如果是这样的话，以这种方法也可以进行中间体的寻找？
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3楼2008-11-14 20:46:48
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suny2005

木虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
一个过渡态可能连接着反应物和产物，应可能其中一边连接这着中间体，你跑IRC当然会优化到中间体！
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4楼2008-11-14 22:29:15
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cysqxr

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
用IRC来计算中间体代价是昂贵的。
通常来说，计算反应过程，先计算反应稳定点，再计算过渡态；有可能有些中间体是意外出现，如你所说。IRC路径的计算有的会走到反应物或者产物，但有时，尤其是势能面比较平缓的时候，IRC不一定会走到底，会在半路上停掉（如果你的循环和SCF标准很高的话，还会再多走几个点），你就用IRC路径上找到的最后一个Found的点（不是最后一个点)的结构做优化，它会走向一个稳定点，就像你这种情况。为了避免这种昂贵的饿计算，可以采用IRC第一个Found的点做优化，也会走到稳定点。
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5楼2008-11-25 09:47:12
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
个人看法：
进行IRC计算过程，主要是看趋势，要是已经有明显的会达到你所设计的反应起始点和终点就可以说明问题了。这里的起始点和终点是指用中间体分开的各个总反应中包含的各个小步骤。每个步骤包含一个过渡态的情况。
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乐观、执着、勤奋
6楼2008-11-25 10:49:06
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