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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » ME/Gulp » 复现氧气在超临界水中的无限系数扩散情况，得到的氧气的msd非线性
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2368126698

新虫 (小有名气)

[求助] 复现氧气在超临界水中的无限系数扩散情况，得到的氧气的msd非线性 已有1人参与

最近复现了一个氧气在超临界水中的无限稀释扩散的案例，但是尽管增加时间步数，还是得不到线性的均方位移曲线，文献中时间步长为1方式，弛豫步长为125000步，统计平均步数为500000步。我复现了该文献的步数，甚至做了一组800000步的模拟，得到的曲线始终是非线性的，请问大家是否有什么建议？谢谢！

附上的图片中，线性的是水，非线性的是氧气。由于氧气的线性度不高，所以不知道如何求其扩散系数。

复现氧气在超临界水中的无限系数扩散情况，得到的氧气的msd非线性
S60806-152421.jpg
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1楼 2016-08-06 15:25:25
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
你的文字中的错别字和语法错误太多，很不好理解。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2016-08-07 03:40:07
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2368126698

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-07 03:40:07
你的文字中的错别字和语法错误太多，很不好理解。

抱歉，我想表达的意思是求氧气在超临界水中的无限稀释扩散系数的时候，得到的均方位移曲线不是线性的，所以不知道如何求其系数，不知您是否有什么建议？
谢谢
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3楼2016-08-07 17:05:33
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
2368126698: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-08-07 18:51:51
2368126698: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-08-07 18:52:58
引用回帖:
3楼: Originally posted by 2368126698 at 2016-08-07 17:05:33
抱歉，我想表达的意思是求氧气在超临界水中的无限稀释扩散系数的时候，得到的均方位移曲线不是线性的，所以不知道如何求其系数，不知您是否有什么建议？
谢谢...

也许是模拟时间和次数不够，但也许是模拟过程有问题。你最好给出你参考的文献。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2016-08-07 18:25:30
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2368126698

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-07 18:25:30
也许是模拟时间和次数不够，但也许是模拟过程有问题。你最好给出你参考的文献。
...

复现的参考文献是肖吉等人写的《超临界水中气体扩散系数的分子动力学模拟》，高效化学工程学报 第15卷第1期，2001年2月。
另外模拟的时间个人觉得已经很长了，甚至比文献都长的模拟时间也试了一下，但是得到的均方位移曲线还是非线性，不知针对这种情况，是否有什么建议？
谢谢！
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5楼2016-08-07 18:50:58
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AB577295592

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 2368126698 at 2016-08-07 18:50:58
复现的参考文献是肖吉等人写的《超临界水中气体扩散系数的分子动力学模拟》，高效化学工程学报 第15卷第1期，2001年2月。
另外模拟的时间个人觉得已经很长了，甚至比文献都长的模拟时间也试了一下，但是得到的均方 ...

你是只用一个分子的吗？
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6楼2016-08-10 16:49:07
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2368126698

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by AB577295592 at 2016-08-10 16:49:07
你是只用一个分子的吗？...

一个盒子，含有255个水分子，一个氧气分子

发自小木虫Android客户端
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7楼2016-08-10 22:44:22
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强智明

铜虫 (初入文坛)
你好，我能和你交流下ME这个软件吗？在这个软件中怎样对构建的模型进行退火处理，设置完温度，找不到在哪运行？
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8楼2017-11-28 15:32:56
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zx108s221

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 2368126698 at 2016-08-10 22:44:22
一个盒子，含有255个水分子，一个氧气分子
...

1个分子怎么可能线性？ 文中也没有提到MSD是线性的 只是给了最后的结果 我自己也试过 根本不可能的
只能说他这个数值肯定是线性回归得到的结果
我还是不太建议你用1个分子 现在计算能力强的多了 你可以把体系放大一些
另外无限稀释也并不一定只能1个分子 浓度在1%左右也基本满足
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I'maslowlywalker,butIneverwalkback.
9楼2017-11-29 22:04:56
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逗比装傲娇

新虫 (初入文坛)
请问你解决了吗
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10楼2018-01-10 21:20:28
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