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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请问如何计算某个组合（比如说水分子）的msd
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 请问如何计算某个组合（比如说水分子）的msd 已有2人参与

各位大侠：
     请问如何利用分子动力学计算某个组合的msd，比如说对于水分子，是不是先利用水分子中氢原子和氧原子的坐标和质量首先算出水分子的质心，然后计算该质心的msd即可，期待您的答复！
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1楼 2016-08-04 11:59:00
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jianjunjiang: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢您的答复！！ 2016-08-07 10:30:32
我感觉差别不会很大吧。你把两条线画在一起比比看，差别很大吗？你说的这两个定义在数学上应该是不等价的，但我觉得区别应该很小。既然gromacs的结果和你的其中一种定义的结果相同，就说明它很可能用了你说的定义。也许手册中会有介绍？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2016-08-07 03:36:38
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MS_Z

金虫 (初入文坛)
同意brucefan 我个人觉得有一点差别不一定需要太纠结 如果真的想知道差别 建议直接看看gromacs内部msd的算法 有可能他给出的msd是用了诸如多时间起点等平滑算法

发自小木虫IOS客户端
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8楼2016-08-07 10:12:36
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
yes.
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2楼2016-08-04 14:59:53
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-04 14:59:53
yes.

谢谢您的答复，就是用“自由坐标”算的，计算单个原子的msd和gromacs的结果一样，我计算的质心位置也和gromacs一样，但计算水分子的msd却和gromacs不一样，郁闷呀！
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3楼2016-08-04 18:52:45
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-04 14:59:53
yes.

今天又重新算了一下msd，对于水分子而言，我分别算了单个氧原子的msd，假设为msd_o,然后又单独算了另外两个氢原子的msd，假设分别为msd_H1和msd_H2，最后计算msd=(M_O*msd_o+M_H*msd_H1++M_H*msd_H2)/(M_O+M_H+M_H)，其中M_O和M_H分别代表氧原子和氢原子的质量，发现算出来的msd和gromacs计算出来的该水分子的msd结果一样。是不是这意味着计算组合体msd时，是先分别计算出各个原子的msd，然后在依照他们的质量进行加权平均？？？
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4楼2016-08-06 21:02:04
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jianjunjiang at 2016-08-06 21:02:04
今天又重新算了一下msd，对于水分子而言，我分别算了单个氧原子的msd，假设为msd_o,然后又单独算了另外两个氢原子的msd，假设分别为msd_H1和msd_H2，最后计算msd=(M_O*msd_o+M_H*msd_H1++M_H*msd_H2)/(M_O+M_H+M_H ...

而如果先算出水分子的质心，在计算msd，计算得到的结果确和gromacs的结果不一样
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5楼2016-08-06 21:04:51
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jianjunjiang at 2016-08-06 21:04:51
而如果先算出水分子的质心，在计算msd，计算得到的结果确和gromacs的结果不一样...

敬请各位高手给予指点！
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6楼2016-08-06 21:06:35
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-07 03:36:38
我感觉差别不会很大吧。你把两条线画在一起比比看，差别很大吗？你说的这两个定义在数学上应该是不等价的，但我觉得区别应该很小。既然gromacs的结果和你的其中一种定义的结果相同，就说明它很可能用了你说的定义。 ...

谢谢您的答复。这两种算法数学上确实不等价，我算的系统是膜系统。为了检验算法是否正确，只算了系统中的一个水分子，差别还比较明显。看来只有看看手册了
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9楼2016-08-07 10:34:50
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by MS_Z at 2016-08-07 10:12:36
同意brucefan 我个人觉得有一点差别不一定需要太纠结 如果真的想知道差别 建议直接看看gromacs内部msd的算法 有可能他给出的msd是用了诸如多时间起点等平滑算法

谢谢您的指点！！
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10楼2016-08-07 10:36:01
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