应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请问如何计算某个组合（比如说水分子）的msd
161/2返回列表12下一页
查看: 2021  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 请问如何计算某个组合（比如说水分子）的msd 已有2人参与

各位大侠：
     请问如何利用分子动力学计算某个组合的msd，比如说对于水分子，是不是先利用水分子中氢原子和氧原子的坐标和质量首先算出水分子的质心，然后计算该质心的msd即可，期待您的答复！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2016-08-04 11:59:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jianjunjiang: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢您的答复！！ 2016-08-07 10:30:32
我感觉差别不会很大吧。你把两条线画在一起比比看，差别很大吗？你说的这两个定义在数学上应该是不等价的，但我觉得区别应该很小。既然gromacs的结果和你的其中一种定义的结果相同，就说明它很可能用了你说的定义。也许手册中会有介绍？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2016-08-07 03:36:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

MS_Z

金虫 (初入文坛)
同意brucefan 我个人觉得有一点差别不一定需要太纠结 如果真的想知道差别 建议直接看看gromacs内部msd的算法 有可能他给出的msd是用了诸如多时间起点等平滑算法

发自小木虫IOS客户端
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2016-08-07 10:12:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)
yes.
回复此楼
2楼2016-08-04 14:59:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-04 14:59:53
yes.

谢谢您的答复，就是用“自由坐标”算的，计算单个原子的msd和gromacs的结果一样，我计算的质心位置也和gromacs一样，但计算水分子的msd却和gromacs不一样，郁闷呀！
赞一下 回复此楼
3楼2016-08-04 18:52:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-04 14:59:53
yes.

今天又重新算了一下msd，对于水分子而言，我分别算了单个氧原子的msd，假设为msd_o,然后又单独算了另外两个氢原子的msd，假设分别为msd_H1和msd_H2，最后计算msd=(M_O*msd_o+M_H*msd_H1++M_H*msd_H2)/(M_O+M_H+M_H)，其中M_O和M_H分别代表氧原子和氢原子的质量，发现算出来的msd和gromacs计算出来的该水分子的msd结果一样。是不是这意味着计算组合体msd时，是先分别计算出各个原子的msd，然后在依照他们的质量进行加权平均？？？
赞一下 回复此楼
4楼2016-08-06 21:02:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jianjunjiang at 2016-08-06 21:02:04
今天又重新算了一下msd，对于水分子而言，我分别算了单个氧原子的msd，假设为msd_o,然后又单独算了另外两个氢原子的msd，假设分别为msd_H1和msd_H2，最后计算msd=(M_O*msd_o+M_H*msd_H1++M_H*msd_H2)/(M_O+M_H+M_H ...

而如果先算出水分子的质心，在计算msd，计算得到的结果确和gromacs的结果不一样
赞一下 回复此楼
5楼2016-08-06 21:04:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jianjunjiang at 2016-08-06 21:04:51
而如果先算出水分子的质心，在计算msd，计算得到的结果确和gromacs的结果不一样...

敬请各位高手给予指点！
赞一下 回复此楼
6楼2016-08-06 21:06:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-07 03:36:38
我感觉差别不会很大吧。你把两条线画在一起比比看，差别很大吗？你说的这两个定义在数学上应该是不等价的，但我觉得区别应该很小。既然gromacs的结果和你的其中一种定义的结果相同，就说明它很可能用了你说的定义。 ...

谢谢您的答复。这两种算法数学上确实不等价，我算的系统是膜系统。为了检验算法是否正确，只算了系统中的一个水分子，差别还比较明显。看来只有看看手册了
赞一下 回复此楼
9楼2016-08-07 10:34:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by MS_Z at 2016-08-07 10:12:36
同意brucefan 我个人觉得有一点差别不一定需要太纠结 如果真的想知道差别 建议直接看看gromacs内部msd的算法 有可能他给出的msd是用了诸如多时间起点等平滑算法

谢谢您的指点！！
回复此楼
10楼2016-08-07 10:36:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jianjunjiang 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金不中，共勉 +10 eulota 2026-08-26 10/500 2026-08-27 17:23 by lqllinqiaoli
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[职场人生] 学生撞见辅导员送外卖，第二天全班都沉默了 +3 鲸鱼融金_浙江_� 2026-08-22 3/150 2026-08-26 09:01 by zzuzxg
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭