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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

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7楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-07 03:36:38
我感觉差别不会很大吧。你把两条线画在一起比比看，差别很大吗？你说的这两个定义在数学上应该是不等价的，但我觉得区别应该很小。既然gromacs的结果和你的其中一种定义的结果相同，就说明它很可能用了你说的定义。 ...

刚看了手册，其中有一句是“The default way to calculate a MSD is by using mass-weighted averages”，可能就是按照质量进行加权平均，但是这样求出来的msd和按照质心计算的msd结果确实不一样。

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11楼2016-08-07 12:28:19

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无际君清

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请问大神们，应该看什么手册

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12楼2016-08-07 23:40:09

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jianjunjiang

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12楼: Originally posted by 无际君清 at 2016-08-07 23:40:09
请问大神们，应该看什么手册

就是gromacs手册，英文版的

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13楼2016-08-08 10:01:19

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jianjunjiang

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11楼: Originally posted by jianjunjiang at 2016-08-07 12:28:19
刚看了手册，其中有一句是“The default way to calculate a MSD is by using mass-weighted averages”，可能就是按照质量进行加权平均，但是这样求出来的msd和按照质心计算的msd结果确实不一样。...

今天又算了一下，发现gromacs里面有两种计算msd的方法，一种是首先算出各个原子的msd，按照质量进行加权平均（这是gromacs里面默认的方式）；另外一种就是先算出各个分子质心的msd，然后进行统计平均。

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14楼2016-08-08 10:05:33

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