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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-07 03:36:38
我感觉差别不会很大吧。你把两条线画在一起比比看,差别很大吗?你说的这两个定义在数学上应该是不等价的,但我觉得区别应该很小。既然gromacs的结果和你的其中一种定义的结果相同,就说明它很可能用了你说的定义。 ...

刚看了手册,其中有一句是“The default way to calculate a MSD is by using mass-weighted averages”,可能就是按照质量进行加权平均,但是这样求出来的msd和按照质心计算的msd结果确实不一样。
11楼2016-08-07 12:28:19
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无际君清

新虫 (小有名气)

请问大神们,应该看什么手册

发自小木虫Android客户端
12楼2016-08-07 23:40:09
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 无际君清 at 2016-08-07 23:40:09
请问大神们,应该看什么手册

就是gromacs手册,英文版的
13楼2016-08-08 10:01:19
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by jianjunjiang at 2016-08-07 12:28:19
刚看了手册,其中有一句是“The default way to calculate a MSD is by using mass-weighted averages”,可能就是按照质量进行加权平均,但是这样求出来的msd和按照质心计算的msd结果确实不一样。...

今天又算了一下,发现gromacs里面有两种计算msd的方法,一种是首先算出各个原子的msd,按照质量进行加权平均(这是gromacs里面默认的方式);另外一种就是先算出各个分子质心的msd,然后进行统计平均。
14楼2016-08-08 10:05:33
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leebrave

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jianjunjiang: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-08-18 23:19:19
msd 你可以直接动力学分析选项中直接输出吖 ,不用费神去自己计算的
不慌,平常心,一步一步走过来。
15楼2016-08-18 22:07:00
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by leebrave at 2016-08-18 22:07:00
msd 你可以直接动力学分析选项中直接输出吖 ,不用费神去自己计算的

是的
16楼2016-08-18 23:19:22
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