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乌托小邦

木虫 (正式写手)

小虫虫

[求助] 关于Cas9-sgRNA构建的困惑,质粒一直提不出来,向大家求助!!

最近在试着做Cas9,想敲掉一个基因,选择了六个靶点。其中四个sgRNA很顺利就连进Cas9载体了,但是有两个靶点的sgRNA死活弄不出来,退火-连接-转化-挑斑-菌液PCR都没有问题(菌液PCR100%正确),然后我就抽提质粒送去测序。
1)测序公司告诉我质粒电泳没有条带,一片模糊;
2)我就自己也跑了电泳,确实永远都是一片模糊的;
3)然后我就怀疑是不是质粒抽提试剂盒坏了,我就直接拿菌液送去测序,测序公司(两家)也说抽提不出来质粒;
4)但是我拿菌液划线,是能正常长斑的;
5)抽提的质粒重新转化却啥也没长;
6)换了一家合成引物的公司,重新合成引物,结果依旧;
7)已经做了三次了,抽提试剂盒也换了新的,都是这样的,问题到底出在哪里呢?有这方面经验的大神能指点一下不?

我用的这个载体是14kb,是因为载体太大吗?如果是这个原因的话,为什么另外四个很顺利成功呢?
关于Cas9技术,我今年刚接触,不是太懂,异想天开一下:会不会是这两个靶点跟component cell里的某个基因匹配,cas9在component cell里发生切割作用了?(我也不知道这个时候Cas9是否能发挥作用,实在是想不出问题在哪,瞎猜的。。)

求帮助,求指点!
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凡事心中有数,人生难得糊涂。
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现在很好

新虫 (初入文坛)

我也在做Cas9,我想请问一下你在设计sgRNA的时候用的是哪些软件?还有就是sgRNA的模板是正义链还是反义链?
12楼2016-10-10 17:17:03
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yunsmile2016

新虫 (小有名气)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-04 11:05:45
最近也在作cas9,求交流

发自小木虫Android客户端
2楼2016-08-03 23:13:55
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werq63

金虫 (著名写手)

3楼2016-08-06 00:32:08
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不吃M的鱼

金虫 (小有名气)

你们cas9和sgRNA是构到一个载体上的?

发自小木虫Android客户端
4楼2016-08-06 08:02:57
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