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yelverxm金虫 (小有名气)
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[交流]
【讨论】有成功的QSAR模型应用于与药物开发的案例吗?
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RT, 搞药物设计的很多人已经不做QSAR了，QSPR效果也很有局限性。 近期集中看了近些年关于QSAR存废的文章，但要进一步自己做出判断却比较困难，主要原因是自己统计学习部分还没有基础，这可能要明年才开始改善。 但是自己在想如果QSAR以往是不是真有过实际性的作用，即成功的辅助某些药物的发现。毕竟得用事实说话嘛。 但具体案例自己知之甚少，搜索也没多大收获，故望大家赐教啊 [ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 13:52 ] |
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2楼2008-11-13 15:24:00
yalefield
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经典案例，看北京大学李仁利的《药物构效关系》 新近案例，看以下期刊： （1）QSAR and Combi Sci. （2）J Med Chem. （3）J Chem Inf Model （4）J Mol Graph Model （5）J Chemometrics （6）Chemometrics and Intelligent Lab System （7）J Mol Struct (THEOCHEM) （8）Bioorg & Medicinal Chemistry （9）SAR & QSAR in Environmental Research （A）J Computer-Aided Mol Design （B）Bioorg Med Chem Lett （C）Drug Discovery Today （D）Current Topics on Med Chem ...... [ Last edited by yalefield on 2008-11-13 at 15:45 ] |
3楼2008-11-13 15:39:49
yalefield
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JMC和JCIM对QSAR/QSPR文章发表的指导意见（翻译自ACS网站，有删节）
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QSAR/QSPR近年来得到了长足的发展， J Med. Chem也要采纳这方面的稿件。JMC对类稿件此提出如下要求（与J Chem Inf Mod一致）： １作者要在摘要、简介和（或）结论部分明显地声明本文章在QSAR/QSPR研究中的创新性。 ２创新性必须体现在方法学（理论）上的创新和（或）对研究体系的新发现等方面。 ３如果报道了新的方法，至少要和一种其它的公共数据集相比较，并且已有用其它的方法对该公共数据集进行研究的报道。 ４研究中所有的数据和分子结构都要在文章或附加信息中给出。采用私有数据通常是不被接受的，因为它与ACS的原则相违背。当然，在私有数据对文章影响不太大的情况下，也可以编辑商量一下。 同时也提出如下建议，以增加发表的可能性： １如果有证据表明所报道的模型被训练集以外的数据验证，一定要提供该证据 ２鼓励把3D-QSAR研究与基于结构的设计（SBD)方法相结合。如果QSAR研究的模型导致了新的实验发现，鼓励报道。 ３如果新的QSAR/QSPR方法能促进对ADMET的机制理解，或者导致可靠的ADMET筛选，欢迎报道。 ４鼓励新的QSAR/QSPR方法，能和化学（生物）信息学方法和（或）数据挖掘技术很好地结合起来 ５QSAR/QSPR研究要能带来对活性机理的新的理解才被鼓励；虚拟筛选方法必须要对现有方法有较大改进才行 ６对新的endpoints（不管是生物性质或是物理化学性质）的QSAR/QSPR研究都是鼓励的；新的实验数据＋QSAR/QSPR模型也是鼓励的。 ７特别不鼓励的有： a) 对已经研究得很多的数据集的QSAR/QSPR研究； b) 模型具有很高的（描述符/数据点）比例； c) 报道新的描述符，却没有明显的证据表明它比已有的相关描述符好 |
4楼2008-11-13 15:46:23
yelverxm
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5楼2008-11-15 10:05:44
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xingchen7_
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