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long8989long木虫 (正式写手)
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如何解决晶体中的A和B级错误
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解完晶体结构后发现如小的错误， 急求如何修改 >>> The Following ALERTS were generated <<< 053_ALERT A Minimum crystal dimension missing ............ ? 054_ALERT A Medium crystal dimension missing ............ ? 055_ALERT A Maximum crystal dimension missing ............ ? 084_ALERT A High R2 value ................................ 0.32 306_ALERT A Isolated Oxygen Atom (H-atoms missing ?) ..... O(7) 306_ALERT A Isolated Oxygen Atom (H-atoms missing ?) ..... O(8) #=============================================================================== 028_ALERT B _diffrn_measured_fraction_theta_max low ..... 0.96 082_ALERT B High R1 value ................................ 0.10 097_ALERT B Maximum (positive) residual density .......... 2.08 e/A**3 201_ALERT B # Isotropic non-H atoms in main residue(s) = 1 431_ALERT B Short Inter HL..A contact: Cl(2) .. O(8) = 2.82 Ang. 601_ALERT B Structure contains solvent accessible VOIDS of 123.00 A**3 |
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053_ALERT A Minimum crystal dimension missing ............ ? 054_ALERT A Medium crystal dimension missing ............ ? 055_ALERT A Maximum crystal dimension missing ............ ? （这是因为你的cif里缺少晶体的尺寸，解决方法：在ins里添加size X X X（XXX即为你的晶体大小）） |
2楼2008-11-13 09:48:13
haru007
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6楼2008-11-13 09:54:05
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warlen(金币+2,VIP+0):多谢支持！欢迎常来晶体版块！
long8989long(金币+5,VIP+0):5,回答认真充分
warlen(金币+2,VIP+0):多谢支持！欢迎常来晶体版块！
long8989long(金币+5,VIP+0):5,回答认真充分
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>>> The Following ALERTS were generated <<< 053_ALERT A Minimum crystal dimension missing ............ ? 见楼上 054_ALERT A Medium crystal dimension missing ............ ? 见楼上 055_ALERT A Maximum crystal dimension missing ............ ? 见楼上 084_ALERT A High R2 value ................................ 0.32 wR2太高，潜在结构不正确或者剩余非氢原子未指认 306_ALERT A Isolated Oxygen Atom (H-atoms missing ?) ..... O(7) 见楼上 306_ALERT A Isolated Oxygen Atom (H-atoms missing ?) ..... O(8) 见楼上 #=============================================================================== 028_ALERT B _diffrn_measured_fraction_theta_max low ..... 0.96 完成度太低，建议把hkl数据filter一下（但不要低于25°），待0.985以上时该警告会自动消失 082_ALERT B High R1 value ................................ 0.10 R1太高，潜在结构不正确或者剩余非氢原子未指认，待0.05以下该警告自动消失 097_ALERT B Maximum (positive) residual density .......... 2.08 e/A**3 残峰很大，可能还有非氢原子未指认 201_ALERT B # Isotropic non-H atoms in main residue(s) = 1 见楼上 431_ALERT B Short Inter HL..A contact: Cl(2) .. O(8) = 2.82 Ang. Cl和O距离太近，考虑是否弄错，或者给出合理解释 601_ALERT B Structure contains solvent accessible VOIDS of 123.00 A**3 空腔太大，还能放下很多其他原子或者是溶剂，尤其是水 总结：结构精修不完整。最有可能的情况是还有很多残峰应该是水分子上的O原子，但同时可能存在无序，可以分别指认后继续精修或者使用squeeze去掉。 |
7楼2008-11-13 14:18:36