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是否能够通过Castep或者Dmol3计算配合物（螯合物/络合物）？
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最近需要计算配合物（金属离子-有机配合），想看能不能使用Castep或者Dmol3进行建模和计算。但是却碰到了几个问题。 a) 由于配合物的金属离子都是带电的，而一般建模都是中性的，如何让中心金属离子带电？比如铁，溶液中有+2和+3价，如何区分？ b) 由于计算的是在溶液或者非晶态/非周期的问题，更希望使用Dmol3而不是Castep，毕竟Dmol3计算非周期结构速度快。模拟水溶液环境时直接用COSMO还是COSMO+水分子的方式？ |
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a)设置体系电荷即可，+2设置+2电荷，+3设置+3电荷，量子化学计算中，电荷本来就不是100%局域在某个原子上的；但如果要反推一个体系中某元素的价态，这个有时候很难判断； b)还是考虑Gaussian吧，DMol3只能采用pure GGA，DMol3即便能算B3LYP，速度慢得吓人，溶剂化能大概smd模型给出的结果也要稍微好点，CASTEP没有溶剂化模型；采用显式/隐式混合模型还是隐式模型取决于你的体系，如果体系与水分子有明显的配位键、氢键、静电作用，这样的情况建议采用混合模型，如果溶剂分子只是起到溶剂的作用，隐式的连续介质模型足矣，不过对于溶质为阴阳离子连续介质模型误差会有点大，也许混合模型也会稍有改善。 |
2楼2016-07-26 07:10:15
3楼2016-07-26 09:56:54
